Elitarna jednostka wojskowa, znana jako G.I. Joe, staje przed wielkim wyzwaniem, jakim jest zapobiegnięcie użycia śmiercionośnych rakiet mających wywołać chaos na całym świecie.

Trzecia część ekranizacji komiksów o tytułowych mutantach. Bohaterowie stają przed wyborem – pozostać sobą czy skorzystać z wynalezionego właśnie lekarstwa cofającego mutację.