Film przedstawia wątek jednej z największych i najbardziej zagadkowych akcji ratowania Żydów podczas II wojny światowej. Próbuje rozwikłać wątki tzw. akcji paszportowej, czyli działalności polskich dyplomatów w Szwajcarii i żydowskich aktywistów, którzy podczas II wojny światowej ratowali Żydów z całej Europy. Film ten skupia się przede wszystkim na losach tych, którym udało się ocaleć dzięki południowoamerykańskim paszportom, ale zarazem opowiada o tych, którzy o mały włos by ocaleli.
Film ukazuje nieznane aspekty powstania w warszawskim getcie. Przede wszystkim: udział w walkach Żydów ortodoksyjnych oraz polskich organizacji konspiracyjnych. Nad placem Muranowskim powiewają dwie flagi: polska i żydowska. Na fladze żydowskiej błękit, który jest kolorem Tronu Chwały, symbolizuje właśnie ortodoksów. Ci na rozkaz rabina Menachema Ziemby przystąpili do walki dla uświęcenia Imienia Bożego. Biel, symbolizująca sprzeciw wobec asymilacji, odnosi się do Żydowskiego Związku Wojskowego. Tworzą go m.in. rewizjoniści z Betaru, a także rewizjoniści maksymaliści z Palestyny, którzy dążą do wyzwolenia żydowskiej ojczyzny spod panowania Brytyjczyków. W najgłębszej konspiracji powstają komórki Irgun Cwai Leumi (hebr. , Narodowa Organizacja Wojskowa), a żydowskich terrorystów szkoli przede wszystkim polskie wojsko. To oni stworzą zalążek Żydowskiego Związku Wojskowego. Obok flagi żydowskiej flaga polska. Biel na fladze to czystość serca, czerwień to krew przelana za ojczyznę. Z ŻZW współpracują polskie organizacje konspiracyjne: Zbrojne Wyzwolenie, Organizacja Wojskowa Korpus Bezpieczeństwa, strażacka Skała. W filmie po raz pierwszy wypowiadają się świadkowie należący do tych organizacji. "Tora i miecz" pokazuje także propagandowe wykorzystanie powstania w warszawskim getcie, które już od 1945 r. służyło do przykrycia powstania warszawskiego. Po kilkudziesięciu latach manipulacji trudno stworzyć wiarygodną wizję wydarzeń. Dlatego wizerunek Pawła Frenkla, legendarnego dowódcy ŻZW, odtwarza się z portretu pamięciowego. Mimo tworzenia w ostatnich latach mitu Warszawy dwóch powstań (żydowska i polska flaga nad placem Muranowskim) relacje o pierwszorzędnej wadze, zarówno polskie, jak i żydowskie, do dziś nie są brane pod uwagę w badaniach historycznych. Te właśnie świadectwa (dziennik rabina Hilela Seidmana i relacja Tadeusza Bednarczyka z komendy głównej OW - KB) zostały zacytowane w syntetycznej wizji historii warszawskiego getta - z uwzględnieniem wielu faktów, o których historia do tej pory milczała.