Gdy obdarzone niezwykłymi mocami rodzeństwo spotyka się ponownie po śmierci ojca, na jaw wychodzą szokujące rodzinne sekrety. Okazuje się też, że ludzkości grozi zagłada.
Grupa studentów medycyny prowadzi niebezpieczne eksperymenty ze śmiercią kliniczną. Nie wiedzą, że ich działania będą miały o wiele większe konsekwencje, zagrażające ich życiu.
Po wielu latach epidemii wirusa zamieniającego ludzi w żywe trupy, zostaje wynalezione antidotum. Społeczeństwo staje przed problemem reintegracji wyleczonych z niezarażonymi obywatelami, który budzi poważne społeczne napięcia.
Siostry Nell i Eva mieszkają z ojcem w domu oddalonym od cywilizacji. Po kilku dniach bez prądu wyruszają do najbliższego miasta, które okazuje się praktycznie wymarłe.
Bezlitośnie tropieni przez Strażników mutanci wysyłają Wolverina do 1973 roku. Aby próba zmiany historii się powiodła, skonfrontowani ze sobą młodzi Charles Xavier i Magneto muszą nawiązać współpracę.
Trzecia część ekranizacji komiksów o tytułowych mutantach. Bohaterowie stają przed wyborem – pozostać sobą czy skorzystać z wynalezionego właśnie lekarstwa cofającego mutację.