Gdy obdarzone niezwykłymi mocami rodzeństwo spotyka się ponownie po śmierci ojca, na jaw wychodzą szokujące rodzinne sekrety. Okazuje się też, że ludzkości grozi zagłada.
Grupa studentów medycyny prowadzi niebezpieczne eksperymenty ze śmiercią kliniczną. Nie wiedzą, że ich działania będą miały o wiele większe konsekwencje, zagrażające ich życiu.
Po wielu latach epidemii wirusa zamieniającego ludzi w żywe trupy, zostaje wynalezione antidotum. Społeczeństwo staje przed problemem reintegracji wyleczonych z niezarażonymi obywatelami, który budzi poważne społeczne napięcia.
Mechanik samochodowy z New Jersey, Stacie, i jej dziewczyna detektyw, Laurel, toczą walkę o zapewnienie świadczeń emerytalnych Hester, u której zdiagnozowano nieuleczalną chorobę.
Bezlitośnie tropieni przez Strażników mutanci wysyłają Wolverina do 1973 roku. Aby próba zmiany historii się powiodła, skonfrontowani ze sobą młodzi Charles Xavier i Magneto muszą nawiązać współpracę.
Główny bohater to Lawrence Wetherhold (Dennis Quaid), niesympatyczny owdowiały profesor języka angielskiego na uniwersytecie w Pittsburghu, który znajduje nową miłość w osobie swojej byłej studentki (Sarah Jessica Parker). Próbuje naprawić relacje ze swymi dorosłymi dziećmi (Ellen Page i Ashton Holmes), studentami tego uniwersytetu, a wszystko komplikuje nieoczekiwana wizyta jego adoptowanego brata (Thomas Haden Church).
Trzecia część ekranizacji komiksów o tytułowych mutantach. Bohaterowie stają przed wyborem – pozostać sobą czy skorzystać z wynalezionego właśnie lekarstwa cofającego mutację.