Gdy obdarzone niezwykłymi mocami rodzeństwo spotyka się ponownie po śmierci ojca, na jaw wychodzą szokujące rodzinne sekrety. Okazuje się też, że ludzkości grozi zagłada.
Grupa studentów medycyny prowadzi niebezpieczne eksperymenty ze śmiercią kliniczną. Nie wiedzą, że ich działania będą miały o wiele większe konsekwencje, zagrażające ich życiu.
Po wielu latach epidemii wirusa zamieniającego ludzi w żywe trupy, zostaje wynalezione antidotum. Społeczeństwo staje przed problemem reintegracji wyleczonych z niezarażonymi obywatelami, który budzi poważne społeczne napięcia.
Lucy to jedna z osób w zdecydowany sposób postulująca zniesienie kary śmierci. Wraz z siostrą Marthą podróżuje po Ameryce, protestując przeciwko zbliżającym się egzekucjom. Obok przekonań ma też w tym osobistą motywację, bowiem jej ojciec, który oskarżony został o zamordowanie matki dziewczyny, czeka na wykonanie ostatecznego wyroku. Podczas jednej z takich demonstracji jej uwagę zwraca Mercy. Dziewczyna jest córką policjanta, którego partner został zabity. Właśnie tego dnia sprawcy podany ma zostać śmiertelny zastrzyk, co dla dziewczyny będzie oznaczało, że sprawiedliwości stało się zadość. Mimo że po dwóch stronach barykady, bohaterki dość niespodziewanie wykazują sobą zainteresowanie, które szybko przeradza się w coś więcej. Relacja Lucy i Mercy ewoluuje - od początkowej wrogości przez ciekawość po wzajemną fascynację. Gdzieś w głowach obu kołacze się jednak pytanie, czy będą w stanie przezwyciężyć różnice, jakie są pomiędzy nimi.
Siostry Nell i Eva mieszkają z ojcem w domu oddalonym od cywilizacji. Po kilku dniach bez prądu wyruszają do najbliższego miasta, które okazuje się praktycznie wymarłe.
Bezlitośnie tropieni przez Strażników mutanci wysyłają Wolverina do 1973 roku. Aby próba zmiany historii się powiodła, skonfrontowani ze sobą młodzi Charles Xavier i Magneto muszą nawiązać współpracę.
Trzecia część ekranizacji komiksów o tytułowych mutantach. Bohaterowie stają przed wyborem – pozostać sobą czy skorzystać z wynalezionego właśnie lekarstwa cofającego mutację.