W ręce terrorystów wpada broń masowej zagłady o mocy zdolnej zniszczyć całą planetę. Barney Ross i jego niezniszczalna ekipa wkraczają do akcji, by zapobiec wojnie Rosji z USA.
Po zaginięciu młodej Żydówki do domu pogrzebowego ojca powraca z ciężarną żoną Art, mając ukryty motyw. Nie wie, że w przywiezionych do kostnicy zwłokach samobójcy czai się starożytne zło, które ma złowrogie plany.
Królowa czarownic Nimue powraca do naszego świata, by znów nieść śmierć i zniszczenie. Tylko bohater o tak piekielnych korzeniach jak Hellboy jest w stanie stawić czoła zagrożeniu.
Niezniszczalni mierzą się ze starym przyjacielem oraz założycielem ekipy, który zszedł na złą drogę. Teraz pragnie on zemsty oraz zniszczenia swoich byłych towarzyszy.
Grudzień 1944 roku, niemiecka kontrofensywa w Ardenach. Amerykańscy żołnierze odkrywają, że naziści są bliscy stworzenia potężnego ładunku wybuchowego mogącego zmienić wynik wojny.