Po tym gdy ziemia uległa zniszczeniu ludzie musieli opuścić planetę. Statek kosmiczny dowodzony przez kapitan Novę musi zapobiec katastrofie ekologicznej cofając się w czasie.

Eksperyment naukowy doprowadził do stworzenia klona Mewtwo, który postanawia zniszczyć świat. Ash i przyjaciele postanawiają pokrzyżować jego plany.

Piotruś Pan zabiera Wendy Darling do Nibylandii, by opowiadała mu i zaginionym chłopcom bajki. W baśniowej krainie na życie chłopca nieustannie czyha Kapitan Hak.

Ash wyrusza w podróż, by zostać najlepszym trenerem pokemonów na świecie.