MacGyver to człowiek, który wie wszystko i potrafi zrobić coś z niczego, wykorzystując umiejętności w zadaniach powierzonych mu przez tajną Fundację Phoenix.
Koniec XVI wieku, okręt Johna Blackthorne'a rozbija się u wybrzeży Japonii. Angielski nawigator zostaje uwikłany w polityczne rozgrywki na szczytach władzy.