Jest jednym z bardziej znanych australijskich reżyserów "nowej fali", który nakręcił wiele interesujących i ciekawych filmów. Początkowo chciał grać i pisać - działał w eksperymentalnym teatrze przy Uniwersytecie w Melbourne. Pierwsze filmy kręcił dzięki państwowym grantom przyznawanym początkującym reżyserom. W ten sposób nakręcił niskobudżetowe "The Firm Man" (1974) i "Trespassers" (1976). Filmy dotykające tematu dorastania i trudnych przemian u nastolatków. Film "The Winter of Our Dreams" (1981), z obsadą Judy Davis jako prostytutki związanej z żonatym Bryanem Brownem wprowadził Johna Duigana do establishmentu australijskiego kina. Tym filmem objawił się jako reżyser z okiem wyczulonym na problemy społeczne, polityczne, obyczajowe. Jego najgłośniejsze dokonania to "Romero" (1989) - amerykański film o Arcybiskupie Salvadoru - Oscarze Romero, którego zagrał Raul Julia, oraz "Syreny"(1994) z S.Neilem i H.Grantem w rolach