Jest synem scenarzysty Sidney'a Carrolla i June Carroll.

Jonathan Carroll studiował na dwóch uniwersytetach: Rutgers University w New Brunswick (New Jersey, USA) i University of Virginia w Charlottesville (Wirginia, USA).

Ten amerykański pisarz od 1973 mieszka w stolicy Austrii, Wiedniu. Jest wykładowcą w Międzynarodowej Szkole Amerykańskiej.

Pierwsza powieść Jonathana Carrolla pt. "Kraina Chichów", dziś znana i lubiana przez wielu czytelników, jak również uważana za jedną z lepszych powieści pisarza, ukazała się w 1980 roku dopiero po rekomendacji Stanisława Lema, bo wcześniej nikt nie chciał wydać tej książki.

Jonathan Carroll uczył języka angielskiego Tomasza Lema, syna znanego polskiego pisarza, Stanisława Lema.

Swoje dzieła Jonathan pisze zawsze piórem. Nigdy nie używa tego samego pióra, do napisania kolejnej, innej powieści.