W roku 1879 Kenshin musi zmierzyć się z wrogiem silniejszym niż wszyscy poprzedni. To jego pałający żądzą zemsty były szwagier - Enishi Yukishiro.

Himura stawia czoła Shishio Makoto - działającemu niegdyś z polecenia władz zabójcy, który pragnie zemścić się na obecnym rządzie, doprowadzając do jego upadku.

Ryota dowiaduje się, że jego sześcioletni syn został zamieniony w szpitalu tuż po narodzinach. Mężczyzna musi wybrać między biologicznym dzieckiem a tym, które dotąd wychowywał.