Wrocław, 22 maja 1963 roku. Łucja Winter – doświadczona oficer wywiadu – wraca z niebezpiecznej misji w Indiach, której cel jest owiany głęboką tajemnicą. Gdy wydaje się, że wszystko zakończy się sukcesem, w mieście wybucha epidemia ospy prawdziwej. Wrocław staje się miastem zamkniętym, w którym rozpoczyna się walka ze śmiertelnie groźnym i niewidzialnym przeciwnikiem. "Czarna śmierć" to historia, w której thriller medyczny w przenika się z pełną tajemnic opowieścią szpiegowską. Z jednej strony grupa lekarzy pod wodzą młodej i ambitnej Weroniki Przybysz (Anna Karczmarczyk) toczy heroiczną walkę ze śmiertelną chorobą, z drugiej prowadzone jest – przez dziennikarza lokalnej gazety Igora Bielika (Tomasz Ziętek) – śledztwo, które ma na celu wyjaśnienie tajemnicy pojawienia się ospy prawdziwej we Wrocławiu i ustalenie, kto był pacjentem zero. To opowieść o poświęceniu, pokonywaniu trudności, o lekarzach, którzy ryzykując własne zdrowie i życie walczą o życie pacjentów. To także historia o narastającej potrzebie wolności i prawdy, która jest silniejsza niż strach przed komunistyczną opresją. W serialu nie zabraknie humoru i dowcipu – mimo lęku przed chorobą ludzie we Wrocławiu musieli żyć i normalnie funkcjonować. Okazało się bowiem, że gdy w odciętym od świata miastem zaczęli rządzić lekarze, szybko skończyły się kolejki, towarów przestało brakować, a PRL-owska szarzyzna zaczęła nabierać powoli kolorów. Paradoksalnie, zamknięcie miasta przyniosło jego mieszkańcom powiew wolności i normalności, którego wcześniej tak bardzo brakowało. "Czarna śmierć" to historia inspirowana prawdziwymi wydarzeniami, które rozegrały się we Wrocławiu latem 1963 roku. Główna bohaterka serialu – Weronika Przybysz –wzorowana jest na doktor Alicji Surowiec, która za swoją postawę w trakcie epidemii ospy otrzymała tytuł Polki Roku 1963. Kierowała ona utworzonym specjalnie na potrzeby leczenia osób chorych na ospę szpitalem w miejscowości Szczodre k. Wrocławia i urządzonym tam izolatorium, mając – prócz siebie – do dyspozycji jedynie dwóch lekarzy. Mimo braku właściwych narzędzi, lekarstw, braku osób, opiekowała się śmiertelnie chorymi do ostatniego dnia epidemii.
Anka, antropolożka kultury, wyjeżdża na Podhale, gdzie przypadkowo odkrywa zwłoki i zostaje wplątana w śledztwo dotyczące morderstwa. Jej losy splatają się z Bastianem, zuchwałym dziennikarzem, oraz Jędrkiem Chowańcem, lokalnym policjantem.
Po śmierci bogatego wuja do jego pełnej zagadek posiadłości zjeżdżają się członkowie rodziny, którzy nie widzieli się od lat, by uzyskać swoją część spadku.
W małym miasteczku mieszkańcy do perfekcji opanowali grę pozorów, a historię miejscowości od lat piszą sekrety oraz połączenie dwóch religijnych światów: pogańskiego i chrześcijańskiego. Co się stanie, kiedy nagle trafi do niej osoba z zewnątrz, która postanowi odkryć oraz skonfrontować je wszystkie?
W dniu ślubu studentki medycyny Kaśki z zamożnym chirurgiem plastycznym Janem rodziny młodej pary zdają sobie sprawę, że jedyne co ich łączy to sekrety i kłamstwa. Tajemnice obu stron zostaną ujawnione podczas uroczystości ślubnej.
Burzliwa historia marca '68 ukazana z perspektywy młodych ludzi. Hanię i Janka połączyła trudna miłość. Tymczasem muszą odnaleźć się w atmosferze pełnej społecznego i politycznego napięcia.
Adam dorasta bez ojca, lotnika, który zaginął podczas II wojny światowej. Młody bohater stopniowo dojrzewa – a ważną rolę w tym procesie pełni zagraniczna kultura.
Bartek (Bartłomiej Topa) jest dyrektorem szanowanego liceum i wspólnie z Martą (Magdalena Boczarska), nauczycielką języka polskiego, tworzą pozornie kochające się małżeństwo. Traumatyczne przejścia powodują, że para przeżywa poważny kryzys. Czy uda im się uratować swój związek przed rozpadem? Maciek (Łukasz Simlat) jest ojcem Oli (Maria Kowalska), która po latach rozłąki wraca pod jego opiekę. Czy będzie w stanie odbudować więź ze zbuntowaną nastolatką, która obwinia go o rozpad rodziny? Pod koniec wakacji ścieżki głównych bohaterów skrzyżują się, łącząc ich ze sobą już na zawsze. To pozornie błahe spotkanie da początek wielu burzliwym wydarzeniom. Kolejne głęboko skrywane sekrety i namiętności nieuchronnie doprowadzą do zbrodni…