Domowe nagrania i rozmowy z najbliższymi powiernikami pokazują papieża Jana Pawła II z dotychczas nieznanej strony.

"Tajemnice Watykanu" nie opowiadają o mrocznych sekretach Państwa Kościelnego, tajnych sprzysiężeniach i głęboko zakonspirowanych organizacjach rządzących światem. Gusty amatorów modnych teorii spiskowych zaspokoi Hollywood. Polscy dokumentaliści przedstawiają widzom codzienność Stolicy Apostolskiej widzianej z perspektywy niedostępnej rzeszom pątników gromadzących się przed Bazyliką Świętego Piotra. Ukazują wewnętrzną maszynerię odpowiedzialną za funkcjonowanie Watykanu: administrację kierowaną przez kardynała Edmunda Szokę – gubernatora Państwa Watykańskiego, rozgłośnię Radio Vaticana nadającą audycje w 34 językach, a zorganizowaną przed laty przez Guglielmo Marconiego – wynalazcę radia, watykańskie biblioteki, drukarnie, introligatornie, pracownie renowacji zabytków. Odwiedzają Akademię Papieską, najstarsze w Europie, bo ośmiusetletnie ogrody pielęgnowane przez 27 ogrodników, oraz wozownie i garaże. Te ostatnie, wraz z samochodami, pojawiły się w Państwie Watykańskim dopiero w latach dwudziestych ubiegłego wieku, na życzenie wielkiego amatora motoryzacji, papieża Piusa XI.