W tytułowej Dolinie Bogów krzyżują się trzy wątki narracyjne, które prowokują widza do własnych interpretacji. Pierwszy to archaiczna legenda Indian Navajo o bogach zamkniętych w skałach doliny Valley of the Gods pełna bogatej symboliki i archetypów. Drugi to historia najbogatszego człowieka globu, tajemniczego Wesa Taurosa (John Malkovich), który dotknięty osobistą tragedią, ukrywa się przed światem. Trzeci wątek jest historią narratora, Johna Ecasa (Josh Hartnett), pisarza, który zmaga się z traumatycznym rozstaniem z żoną i twórczym kryzysem. W tym czasie firma Taurosa eksploatująca rudę uranu przejmuje Dolinę Bogów, gdzie planuje drążyć tunele w świętej ziemi. Spokój przodków Navajo zostaje zburzony a skały rodzą mściciela. Widz pozostaje z pytaniami: Jak daleko można posunąć się dla miłości? Jakie tajemnice skrywa mityczna ziemia Navajo?

Wczesne średniowiecze. Na ostatnią pogańską wyspę, cudem uniknąwszy śmierci, dociera rycerz Willibrord, gdzie spotyka Bezimiennego.

W Sudetach dochodzi do serii morderstw, których ofiarami są myśliwi. Wobec bezradności policji śledztwo rozpoczyna emerytowana inżynierka.

Polska ornitolog pracująca w Rwandzie ratuje młodą dziewczynę z plemienia Tutsi.

Policjant bada sprawę młodej Niemki, członkini chóru gregoriańskiego, która rzuciła się z wieży kościoła we Wrocławiu.

Rok 1943, 17-letni Romek znajduje walizkę zawierającą patefon i kolekcję płyt. Guido, nastoletni członek żandarmerii niemieckiej, słysząc muzykę wkrada się do niego przez okno.