Wrocław, 22 maja 1963 roku. Łucja Winter – doświadczona oficer wywiadu – wraca z niebezpiecznej misji w Indiach, której cel jest owiany głęboką tajemnicą. Gdy wydaje się, że wszystko zakończy się sukcesem, w mieście wybucha epidemia ospy prawdziwej. Wrocław staje się miastem zamkniętym, w którym rozpoczyna się walka ze śmiertelnie groźnym i niewidzialnym przeciwnikiem. "Czarna śmierć" to historia, w której thriller medyczny w przenika się z pełną tajemnic opowieścią szpiegowską. Z jednej strony grupa lekarzy pod wodzą młodej i ambitnej Weroniki Przybysz (Anna Karczmarczyk) toczy heroiczną walkę ze śmiertelną chorobą, z drugiej prowadzone jest – przez dziennikarza lokalnej gazety Igora Bielika (Tomasz Ziętek) – śledztwo, które ma na celu wyjaśnienie tajemnicy pojawienia się ospy prawdziwej we Wrocławiu i ustalenie, kto był pacjentem zero. To opowieść o poświęceniu, pokonywaniu trudności, o lekarzach, którzy ryzykując własne zdrowie i życie walczą o życie pacjentów. To także historia o narastającej potrzebie wolności i prawdy, która jest silniejsza niż strach przed komunistyczną opresją. W serialu nie zabraknie humoru i dowcipu – mimo lęku przed chorobą ludzie we Wrocławiu musieli żyć i normalnie funkcjonować. Okazało się bowiem, że gdy w odciętym od świata miastem zaczęli rządzić lekarze, szybko skończyły się kolejki, towarów przestało brakować, a PRL-owska szarzyzna zaczęła nabierać powoli kolorów. Paradoksalnie, zamknięcie miasta przyniosło jego mieszkańcom powiew wolności i normalności, którego wcześniej tak bardzo brakowało. "Czarna śmierć" to historia inspirowana prawdziwymi wydarzeniami, które rozegrały się we Wrocławiu latem 1963 roku. Główna bohaterka serialu – Weronika Przybysz –wzorowana jest na doktor Alicji Surowiec, która za swoją postawę w trakcie epidemii ospy otrzymała tytuł Polki Roku 1963. Kierowała ona utworzonym specjalnie na potrzeby leczenia osób chorych na ospę szpitalem w miejscowości Szczodre k. Wrocławia i urządzonym tam izolatorium, mając – prócz siebie – do dyspozycji jedynie dwóch lekarzy. Mimo braku właściwych narzędzi, lekarstw, braku osób, opiekowała się śmiertelnie chorymi do ostatniego dnia epidemii.
Henryk Mikos, emerytowany policyjny archiwista, postanawia rozwiązywać umorzone przed laty sprawy. Pomaga mu dwoje młodych policjantów, Zuza Wasiluk i Tomek Stachura.
Jesienne smutki odejdą w zapomnienie, bo w takim towarzystwie nie zagrożą one nikomu. Ula ponownie zarazi optymizmem i wiarą w ludzi, Marek przyspieszy bicie kobiecych serc, a Violetta, przez V i dwa T, sprawi, że będziemy płakać ze śmiechu!
Po śmierci Soczka policjanci z warszawskiej komendy rozpoczynają śledztwo. Na wezwanie komendanta do stolicy przybywają Nielat zwany Quantico, Metyl oraz Despero, którzy mają za zadanie powstrzymać gangi walczące między sobą o miasto.
Graczykowie to przeciętna polska rodzina. Głowa rodziny, Wiesław jest sleepingowym w PKP. Jego żona, Jadwiga zajmuje się domem. Mają trójkę dzieci. Bez przerwy nawiedza ich sąsiad Buła lub mama Jagwigi.
Niccolo Machiavelli jest uwięziony za głoszenie wywrotowych poglądów. W swojej wyobraźni wciąż wraca do sporu z intelektualnym przeciwnikiem - Savonarolą.