Boruto rozpoczyna swoją drogę ninja, chcąc wydostać się z cienia ojca i zdobyć nowe umiejętności oraz przyjaciół.

Czterech ninja strzegących Ukrytych Wiosek Mgły, Kamienia, Chmur i Piasku ginie bez śladu. Podejrzewana jest nieodnosząca żadnych strat Konoha, co sprowadza krainy na skraj kolejnej Wielkiej Wojny.

Naruto wraca do Konohy, by dotrzymać słowa złożonego Sakurze i uwolnić Sasuke z rąk Orochimaru.

Rodzice Thora i Raia zostają zamordowani, a oni sami zesłani na obcą planetę. W nowym otoczeniu chłopcy toczą walkę o przetrwanie, wierząc, że kiedyś powrócą do domu.

Przełom tysiącleci, nadchodzi ostateczna bitwa o przyszłość ludzkości. Przeznaczenie Kamui Shirou zadecydowało się, gdy wrócił do Tokio, aby stawić czoła swemu największemu wyzwaniu. Smok Niebios, obrońcy Ziemi, są gotowi stawić czoła Smokowi Ziemi, siedmiu legendarnym aniołom, niosącym zniszczenie mające oczyścić planetę. Kamui, wbrew swojej woli, musi zdecydować, po której stronie walczyć. Decyzję podejmuje dopiero wtedy, gdy dowiaduje się, że jego przyjaciele z dzieciństwa, Fuma i Kotori Monou znajdują się w cięzkiej opresji. Seria skłąda się z 24 odcinków, jest rozwinięciem filmu "X 1999".