Boruto rozpoczyna swoją drogę ninja, chcąc wydostać się z cienia ojca i zdobyć nowe umiejętności oraz przyjaciół.

Takashi otrzymuje w spadku po babce Księgę Przyjaciół zawierającą spis pokonanych przez nią duchów. Chłopiec postanawia zwrócić właścicielom ich imiona.

Ciężko ranny mężczyzna budzi się, pod obcym dachem, jego twarz skrywa maska, której ani on ani nikt inny ściągnąć nie może. Od ludzi z wioski dowiaduje się, że został znaleziony i uratowany przez starszą wioski. Wkrótce tajemniczy przybysz stanie na czele powstania, mającego na celu obalenie władzy tyrana terroryzującego mieszkańców wioski.