Sean Patrick Thomas urodził się 17 grudnia 1970 roku w Wilmington w USA. Jego rodzice pochodzą z Gujany. Ojciec Sean'a pracował jako inżynier w firmie DuPont. Matka była natomiast analitykiem finansowym w tej samej firmie. Po ukończeniu szkoły w swoim rodzinnym mieście dostał się na University of Virginia na wydział prawa. Jednak od przesłuchanie do przedstawienia do sztuki "A Raisin in the Sun" zmieniły się jego zainteresowania. Ostatecznie w 1996 roku skończył Uniwersytet Nowojorski na wydziale teatralnym.