Po II wojnie Sojuszu z PLANT pilot Gundam Kira Yamato zasila szeregi organizacji, która ma na celu wyeliminować pozostałych członków Niebieskiego Kosmosu.
Serce cichego i nieśmiałego Kyoutarou przepełnione jest mrocznymi pragnieniami wobec swoich rówieśników. Jego uwagę przyciąga urocza Anna, z którą niespodziewanie się zaprzyjaźnia.
Po latach spokoju statek Sidonia ponownie staje w obliczu zagrożenia ze strony Gauna. Nagate Tanikaze bierze udział w działaniach mających na celu ochronę statku i jego mieszkańców.
Licealista Kusuo Saiki przyrzekł w dzieciństwie, że będzie trzymał swoje telepatyczne moce w ukryciu. Nie oznacza to jednak, że jego życie stało się łatwe.
Czterech ninja strzegących Ukrytych Wiosek Mgły, Kamienia, Chmur i Piasku ginie bez śladu. Podejrzewana jest nieodnosząca żadnych strat Konoha, co sprowadza krainy na skraj kolejnej Wielkiej Wojny.
Firma Ciela organizuje koncert charytatywny dla osieroconych dzieci. Podczas niego ma być wystawiony spektakl "Hamlet", jednak jak się okazuje, aktorzy mieli wypadek na morzu. Ponieważ nie zdążą przybyć na czas, Ciel musi wziąć sprawy w swoje ręce i wystawić przedstawienie godne rodziny Phantomhive. Aby tego dokonać przyjaciele oraz pracownicy Ciela zastępują nieobecnych aktorów.