"Absentia" to historia agentki FBI, Emily Byrne (Stana Katic), która podczas pościgu za seryjnym mordercą w Bostonie znika bez śladu, a policja uznaje ją za zmarłą. Sześć lat później zostaje odnaleziona w lesie. Nie pamięta, co się z nią działo przez poprzednie lata. Po powrocie do domu dowiaduje się, że jej mąż ponownie się ożenił, a ich syna wychowuje teraz inna kobieta. Bohaterka odkrywa także, że została wplątana w serię morderstw.

Sezon 3 jest kontynuacją dramatycznych wydarzeń z sezonu 2, gdy zawieszenie Emily w obowiązkach agentki FBI dobiegało końca. Wszystko wywraca się do góry nogami, gdy jedna ze spaw Nicka zagraża życiu rodziny Emily. Próby ujawnienia groźnego spisku prowadzą Emily do Europy. Kobieta zostaje poddana największej próbie i musi znów nauczyć się ufać i kochać, uświadomiwszy sobie, gdzie jest jej miejsce.