Akcja rozgrywa się dwa miesiące po wydarzeniach z pierwszej serii. Mithril staje w obliczu zagrożenia ze strony organizacji zwanej Amalgam. Ta organizacja również posiada "Czarną technologię" i przez to stanowi wielkie niebezpieczeństwo dla bezpieczeństwa na świecie. Do tego misja ochrony Chidori przez Sousukego zostaje odwołana... Wszystko zaczyna się układać dokładnie tak jak życzyłby sobie tego Amalgam.