IMO królowa changelingów (aka Chrysalis) byłą nawiązaniem do Sary Kerrigan z serii Starcraft.
Wizualnie hybryda człowieka (tu: kucyka) z jakimś dziwnym stworem, królowa roju, podwójny głos, aparycja femme fatale. Poza tym, changeling to jednostka zergów. Nawet jak changelingi spadały na ulice, to wyglądało to jak zergowe zrzuty powietrzne.

Mimo iż powiązanie było inne, to ja od razu pomyślałem o grze Story of the Blanks :D
Żeby nie spamować.
Upadek Rarity w ep 16 (Grom Tęczowy/Sonic Rainboom) bardzo mocno skojarzył mi się z upadkiem Ikara (nie wiem, czy w filmiku podanym przez Ciebie to było, czy nie - nie sprawdzałem : ) )

A nawiązanie do Ikara oczywiste. Zestawienie ciekawostek z pierwszego sezonu miało tu już swój temat.
W tym filmiku nie było, bo on dotyczy tylko pierwszego sezonu.

Zastanawia mnie upadek, a raczej spadanie Rainbow Dash w czarną otchłań. Odc. Najlepszy zwierzak o ile dobrze pamiętam. Nie mogę sobie przypomnieć do czego to było nawiązanie : / ,,Drabina Jakubowa" ??? Chyba nie...

ep 16 to jeszcze jest pierwszy sezon ;) Musieli przeoczyć po prostu.

Jeszcze jedno. Scena z Read it and weep. -> http://www.youtube.com/watch?v=t5On4W_vVTI to chyba nawiązanie do lost in space
http://www.youtube.com/watch?v=FdVkH9SQbJI#t=5m06s : ))
Swoją drogą w MLP pojawiają się również dźwięki, które występowały w....heroes 3 :D
(np. Znaczkowa ospa ~16:25)

LOL !! Fakt XD

Okrzyki "the pain, oh the pain" to ogólny klasyk, tamto "Lost in Space" też do tego nawiązywało.
A jeśli chodzi o sample, to jest ich spora pula i korzystają z tego twórcy filmów, gier, seriali itp. Nic dziwnego, że się powtarzają. Ten słynny piszczący sampel ( http://www.youtube.com/watch?v=n8KRaSXd4oA&feature=related ) też jest mega popularny, słyszałem go wiele razy poza MLP.

Szkoda, że krzyku Wilhelma nie dali :D (może dadzą jeszcze)

Howie Scream byłby jeszcze lepszy.
http://www.youtube.com/watch?v=YZFR7aZ3oAc