Jest rok 2027. Ludzie w Tokyo nie wiedzą, że służą wrogowi ,który onegdaj zaatakował ziemię. Prowadzą dalej swoje życia w błogiej nieświadomości tego, że za plecami obcy ich kontrolują. Prawdę o naturze miasta odkrywa Ayato Kamina. Tajemnicza dziewczyna Reika Mishima ukazuje mu Rahxephon`a - Skrzydlatego mecha, którego Ayato ma pilotować w imię ogranizacji TERA chroniącej ziemię przed wrogiem.