1. Skąd Michael wziął mydlaną komórkę?
2. Po co Michael poświęcił tyle czasu na robienie dziury w swojej celi oraz na zapleczu skoro najważniejsza miała być dziura w budynku strażników?
3. Po co Sara jest uśmiercana w 3 sezonie? Jej śmierć jest nielogiczna i wręcz mogłaby zniechęcić Michaela do kontynuowania ucieczki nie dając żadnych korzyści.
4. Skoro już ją postanowili zabić to czemu nie zrobili tego naprawdę? Po co to udawanie i trzymanie jej przy życiu i wmawianie innym, że jest martwa?
5. Skoro mogli odbić tak łatwo Whistlera za pomocą helikopterów to czemu nie zrobili tego od razu? Po co ten cyrk z wsadzaniem Michaela do Sony? I skąd mieli pewność, że uda się oskarżyć jego o zabójstwo żeby mieć pretekst do aresztowania go?
6. Nie mogli zaprowadzić ich wszystkich z powrotem do cel? Przecież jak zaczynał wyć alarm to wszyscy byli potulni i grzeczni i można byłoby wtedy ich z powrotem zamknąć zamiast pilnować na zewnątrz.
7. Jakim cudem Bellicka tak łatwo wypuścili z więzienia Fox River?
8. Po co Whistler skoro on odrazu ginie na początku 4 sezonu?
9. Jakie papiery miał Kellerman jak składał zeznania w 2 sezonie? Przecież Firma niszczyła wszystkie dowody! I zresztą potrzebne by były mocny dowody aby udowodnić jego wiarygodność.