Historia obraca się wokół dwójki przyjaciół: Mahiro Fuwy – jego rodzina została rok wcześniej zamordowana w tajemniczych okolicznościach oraz Yoshino Takigawy. Pewnego dnia z Mahiro kontaktuje się niejaka Hakase Kusaribe, przywódczyni klanu Kusaribe, którą jej zwolennicy, zdaną tylko na swoje siły, porzucili na opuszczonej wyspie. Chłopak zgadza się pomóc kobiecie, jeśli ta w zamian wesprze go w poszukiwaniach zabójcy jego bliskich. Kiedy Yoshino dowiaduje się co planuje jego przyjaciel, postanawia się przyłączyć i razem z nim wystąpić przeciwko klanowi Kusaribe planującemu obudzić "Drzewo Zetsuen", którego moc może doprowadzić świat do zagłady.