"Alpha Protocol" to szpiegowska RPG akcji z  rozbudowanym wątkiem fabularnym. Jako Michael Thorton, jeden z najlepszych agentów CIA, przejdziesz do pełnej konspiracji. Nikomu nie musisz tłumaczyć swoich planów, przed nikim nie odpowiadasz, liczy się tylko zadanie. Każda decyzja będzie miała wpływ na dalszą fabułę w grze, więc postępuj rozsądnie i konsekwentnie.

Od Ciebie zależy czy będziesz działał subtelnie, manipulując spotkanymi ludźmi dla własnych celów. A może wolisz działać brutalnie i gwałtownie wykorzystując bogaty arsenał broni palnej i materiałów wybuchowych? Decyzja zależy wyłącznie od Ciebie.