Akcja gry dzieje się w 1517 roku na terenie miasta Tenochtitln, stolicy państwa Azteków. Wcielamy się w postać myśliwego o imieniu Mały Wąż, który przez przypadek jest świadkiem zabójstwa wpływowej osoby, o co zostaje niesłusznie oskarżony. Grając w "Aztec: The Curse in the Heart of the City of Gold" dążymy do oczyszczenia głównego bohatera z zarzutów i ujawnienia ważnej wiadomości, którą ofiara morderstwa zdążyła nam przekazać przed swoją śmiercią.