"Final Fantasy XVI" zabierze graczy w podróż do epickiego świata dark fantasy, w którym o losach krainy decydują potężne Eikony i władający nimi Dominanci. Oto opowieść o Clive Rosfield, wojowniku, który otrzymał tytuł "Pierwszej Tarczy Rosarii" i poprzysiągł chronić swojego młodszego brata Joshuę, władcę Feniksa. Wkrótce Clive zostanie uwikłany w wielką tragedię i poprzysięgnie zemstę Mrocznemu Eikonowi Ifritowi, tajemniczej istocie, która przynosi nieszczęście.