Akcja gry "Hexen" dzieje się po wydarzeniach znanych nam z gry "Heretic". Atak potężnej armii D'Sparila udało się powstrzymać. Jednak Wężowi Jeźdzcy ponownie przedostają się do naszego wymiaru. Na ich czele stoi przerażająca istota z piekła rodem - demoniczny Korax. Dochodzi do całkowitej rzezi, gdzie tylko kilkorgu mieszkańcom udaje się przeżyć. Jednym z nich jest gracz, który przed rozpoczęciem rozgrywki ma do wyboru jednego z trzech różniących się bohaterów: wojownika, kleryka lub maga. Każdą z postaci gra się kompletnie inaczej, choć cel pozostaje ten sam - zniszczyć Koraxa i jego hordy.