Gra początkowo miała być spin-offem serii "Deus Ex" o tytule "Deus Ex: Clan Wars" i skupiać się na trybie wieloosobowym. Po spektakularnej klapie marketingowej, jaką odniosła druga odsłona cyklu, "Invisible War", wydawcy z Eidos Interactive postanowili skasować projekt w dotychczasowej formie. Ostatecznie wydano go jako nową produkcję, będącą duchowym spadkobiercą pierwowzoru.