Republika po zwycięstwie z Mandalorianami została osłabiona. Dowódcy armii, Revan i Malak, którzy byli uznani za martwych, powracają jako Sithowie, aby opanować bezbronną galaktykę. Podczas jednej z bitew nad planetą Taris, grupie rycerzy Jedi, z Bastylią Shan na czele, udaje się wejść na pokład okrętu flagowego Dartha Revana, aby go pojmać i przywrócić pokój w galaktyce.

Długo przed wojną o galaktykę rozpoczyna się epicka opowieść. Wydarzenia przedstawione w grze osadzone zostały w Złotych Latach Republiki - ponad 4000 lat przed tymi z pierwszego filmu pt."Gwiezdne Wojny", gdy rycerzy Jedi oraz Sithów było tysiące. W Galaktyce nie przeminęły jeszcze ostatnie echa konfliktu z Mrocznymi Lordami, gdy rozpoczęła się walka pomiędzy Jedi i Sithami. W tej sytuacji, każdy twój ruch może zadecydować o przebiegu wielkiej galaktycznej wojny - i twojej przyszłości jako Jedi.