Godzilla zostaje uwięziona w wulkanie, a naukowcy prowadzą nad nią badania (nad jej pochodzeniem i mutacją). Łączą DNA godzilli z kodem kwiatu oraz ludzkim (córki jednego z naukowców) i tworzą Biollante, zmutowaną roślinę o gigantycznych rozmiarach, która zaczyna pustoszyć Japonię. Co gorsza kiedy zajmują się Billante, Godzilla uwalnia się z wulkanu, ale zamiast niszczeć Japonię, podejmuje walkę z Biollante ...

Godzilla od trzech lat jest zaklinowana w kraterze, co staje się powodem licznych wybuchów i trzęsień ziemi. Grupa naukowców stale obserwuje poczynania Godzilli za pomocą technik komputerowych oraz młodej kobiety, która jest obdarzona darem czytania myśli potwora. Gdy następuje kolejny wybuch, umiera córka znanego naukowca. Dochodzi do ewakuacji całego miasta. Załamany naukowiec postanawia stworzyć Biorośline i zniszczyć potwora, który zadał mu tyle cierpienia. Jednak nie wszystko idzie po jego myśli, stworzony przez niego mutant niespodziewanie atakuje Japonie. W obronie kraju staje Godzilla.