Na wiele z tych pytań odpowiedzią jest obejrzenie wszystkich filmów z serii. I oglądanie najlepiej nie wg chronologii akcji filmów tylko tak jak wychodziły do kin.
Nie chcę spoilerować, więc odpowiem tak:
1. Odpowiedzią jak na wiele pytań w uniwersum jest film X-Men: Przeszłość, która nadejdzie, a co konkretnie do samego adamantium to jedna scena w X-men: Apocalypse.
2. Prawdopodobnie zatruwa go samo adamantium lub jakiś wirus. Nie dam sobie uciąć ręki bo słyszałem, że akurat to jest trochę a'la easter egg nawiązujący do komiksów.
3. Tak. Charles ma "pewne" zdolności. W scenie po napisach chyba Ostatniego Bastionu + The Wolverine jest odpowiedź.
4. No właśnie z chronologią jest pewien problem bo tak jak mówiłem X-Men: Przeszłość, która nadejdzie dużo zmienia. W skrócie pojawiają się pewne zmiany w liniach czasowych co sprawia, że niektóre wydarzenia z poszczególnych filmów mogły nie mieć miejsca (taki reboot trochę).

1: Nie zostało wysanne adamantum to czesc jego ciała i w jakis sposób sie regeneruje tak jak logan.
2:Troche w filmie podpowiedzieli adamantum to nie tylko moc ale i trucizna która zniczszyła logana od srodka
3:Tak zginął ale w Przyszłość która nadejdzie zmienili bieg wydarzen dlatego xavier nadal żył
4 Filmy o Loganie mają inny tor ale mysle ze tak.
Geneza
Wolverine
X-Men PIerwsza Klasa
X-Men Przeszłośc która nadejdzie
X-Men 1.2.3
Logan na koniec jako wiśenka na torcie

Z tym Xavierem to się trochę zagalopowałeś :) Bo Xaviera nie ożywiła zmiana bieg wydarzeń. Przecież widzimy go żywego czy w scenie po napisach The Wolverine czy w sekwencji w przyszłości z Przeszłość, która nadejdzie co miało miejsce jeszcze przed zmianą biegu wydarzeń.

1. Tak zwana "luka w fabule". Na końcu "The Wolverine" ma pazury z kości, ale w segmencie "przyszłościowym" z "Days of the future past" są już pokryte adamantium. Fani spekulowali, że być może Magneto pomógł w pokryciu pazurów adamantium. W każdym razie w filmach nie znalazłem na to odpowiedzi.
2. Już ktoś odpowiedział - prawdopodobnie adamantium go zatruwa.
3. To mogłoby być bardzo fajnym zwrotem fabularnym, a jest motywem zrobionym "na odwal się". W "Ostatnim Bastionie" jest scena, w której widać na ekranie pacjenta, do ciała którego przeniesiona zostaje świadomość innego człowieka. Podobny motyw podobno zaliczyła świadomość Xaviera po zakończeniu "Ostatniego Bastionu", ale nie wynika to z żadnego materiału na filmie - nawet nie wiem, czy reżyser tego nie dopowiedział.
4. Obejrzyj wszystkie wg chronologii premier kinowych. "Ostatni Bastion" i "Geneza: Wolverine" jakoś przeżyjesz.

Loganowi nie zostało wyssane Adamantium... Jedynie szpony zostały odcięte w The Wolverine. Ale jego własne, kostne odrosły.
Nie zgadzam się z tym że to Adamantium zatruwa Logana. To jest coś w tej modyfikowanej żywności. Mutanci są na wymarciu, a nowi się nie rodzą. Jedynie klony używane do walki.
A co do Xaviera... Tuż przed śmiercią Przeniósł swój umysł do swojego brata, bliźniaka, który od dziecka chyba jest w śpiączce.

X-men jest niekanoniczny

trzecia część

Filmy ogląda sie zawsze tak jak powstawaly, kazdą serię