Film jako całość poza oczywiście potokiem nostalgii pokazuje tak naprawdę jak wygląda Matrix i świat realny 60 lat po tym, gdy Neo poświęcił się za ludzkość w Mieście Maszyn:
1. Maszyny uszanowały rozejm, część z nich pomogła ludziom zbudować nowy Sion znany jako IO gdzie wykorzystując technologię maszyn oraz Matrix starali się przewrócić realny ziemski biom
2. Dowiadujemy się że trwała wojna między maszynami o spadki mocy
3. Świadome programy z Matrixa również mogły zostać uwolnione - pojawiały się w świecie
rzeczywistym jako interaktywne hologramy. Przykładem takie programu był nowy Morfeusz, który zaczynał jako program Agent a zyskał świadomość poszukiwacza Neo.
4. Neo i Trinity zostali odzyskani, zrekonstruowani i ponownie podlączeni do Matrixa przez program Konstrukt który robił potem za terapeutę Neo.
5. Zauważono, że Neo i Trinity nie są kompatybilni z Matrixem jeśli nie są umieszczeni w pewnej odległości od siebie. Miało to efekt uboczny w postaci braku możliwości wymazania wspomnieć, co musiało zmusić maszyny do oszukania ich umysłów że to co przeżyli w przeszłości dla Neo było grą komputerową którą stworzył, natomiast dla Trinity snem
I to są fajne rzeczy rozbudowywujące ten świat, gdyby tak jeszcze walki wyglądały na bardziej matrixowe, trzeci akt z próbą uwolnienia Trinity nie był słabą kalką uwalniania Morfeusza z jedynki i wyjaśnionoby dlaczego teraz to Trinity jest Chosen one mógłbym dać mocne 9/10. Tak dla mnie 6/10