Prawdziwy świat i Syjon - ostatnie ludzkie miasto - to tak naprawdę drugi poziom komputerowej symulacji stworzonej przez maszyny, by uśpić czujność ofiar i stworzyć złudzenie wygranej walki. Ta interpretacja dodatkowo wyjaśnia moce Neo, które zdobył w "prawdziwym świecie" pod koniec części drugiej i likwiduje mesjanistyczny wątek, zostawiając czyste s-f.
Takich teorii to było od metra ;) Np., że wojnę wygrali ludzie i to oni więżą maszyny w Matrixie, wmawiając im, że to one wygrały, by się nie buntowały. Itp. ;)