Matrix jest programem komputerowym (w dużym uproszeniu), Neo nigdzie nie trafił, a jedynie został odłączony od systemu (to co widzimy na ekranie to nasza kochana planeta Ziemia), a jak się podłączają to wchodzą właśnie do tego programu komputerowego - matrixa.

Ale jak Neo latał to niewydawało się to dziwne?

Latał ponieważ jako wybraniec nie musiał już przestrzegać zasad tego programu komputerowego.