Załoga covenanta po odbieraniu sygnału Elizabeth Shaw ,budzi się z snu kriogenicznego i wybudzenie powoduje śmierć Brandona kapitana statku.Jego obowiązki przejmuje pierwszy oficer Archer(Crudup)Przymierze pilotuje Przyjaciel Daniels Tennese .Załoga ląduje na liesistej planecie.Zmutowana roślinność wytwarza zarodniki ,które zarażajją niektórych załogantów.Neomorfy opuszczają ciała żywicieli zabijając niektórych ludzi.
Ocaleli uciekają do lasu gdzie ratuje ich David.On informuje ,, że Shaw Poświęciła się do katastrofy statku kosmicznego przed powierzchni raju
, odsłaniając inżynierów do czarnej śluzu, aby zapobiec ich niszczeniu Ziemi, pozostawiając go na mieliźnie w Raju.”David prowadzi ocalonych do cytadeli konstruktorów gdzie mieszkał przez długi czas.W trakcie wydarzeń okaże się że David faktycznie zabił Shaw oraz że umysł androida został wypaczony przez liczne modyfikacje i że Weyland” wprowadził do jego programowania podczas wyprawy Prometeusza, obsesję na punkcie tworzenia nowego organizmu”oraz że po wielu próbach stworzył jajo obcego z twarzołapem w środku.Archer zostaje zaatakowany przez twarzołapa co prowadzi do narodzin ksenonomrfa.Daniels i Tennessee udaje się zabić ksenomorfa i neomorfy zniszczyć laboratorium Davida przy czym android ginie.Na pokładzie covenanta Daniels oraz Tennessee postanawiają kontynuować podróż do koloni(pierwotny cel misji).Nie wiedzą że David przeżył jednak a zabity został Walter.David mając w posiadaniu dwa jaja obcych postanawia kontynuować eksperyment….