Od czasu naszej ostatniej wizyty u rodzinki Malutkich sporo się zmieniło. Stuart jest w rewelacyjnej formie i cieszy się nowym życiem na całego. Jeździ do szkoły (swoim własnym samochodem), z sukcesem pomaga budować modele samolotów i jest dumny z drużyny futbolowej, którą udało mu się stworzyć. Uwielbia też bawić się ze swoim dużym bratem, Georgem i malutką siostrzyczką, Marthą Malutką (Anna Hoelck i Ashley Hoelck). Nawet gburowaty i arogancki kot, Snowbell, na swój sposób zaprzyjaźnił się ze Stuartem. W malutkim świecie malutkiej myszy wszystko wydaje się układać pomyślnie.

Członek rodziny Malutkich, sympatyczna myszka ma nowe pasjonujące przygody. Ponieważ George (Jonathan Lipnicki) chwilowo nie ma dla niego czasu, Stuart czuje się osamotniony. Marzy więc o znalezieniu nowego przyjaciela. I gdy pewnego dnia ratuje z opresji uroczą Margalo, ptaszka ściganego przez sokoła, Falcona, czuje, że znalazł kogoś kogo polubił. Margalo ma zranione skrzydło. Stuart postanawia się nią zaopiekować i zabiera ją do domu. Oczywiście państwo Malutcy (Geena Davis i Hugh Laurie) są zachwyceni i nie mają nic przeciwko temu, żeby ptaszek został u nich na dłużej. I wówczas... Margalo odkrywa przed nimi wiele ciemnych tajemnic.

Syn Pana Malutkiego, George dorasta i zawiera w szkole nowe przyjaźnie. Stuart dochodzi do wniosku, że on też powinien znaleźć sobie przyjaciół. Wkrótce poznaje Margalo, którą bohatersko ratuje przed niecnym jastrzębiem Falconem. Kiedy Falcon pojawia się i znowu porywa Margalo, Stuart wkracza do akcji. Wspólnie z kotem Śnieżkiem biorą udział w niebezpiecznej przygodzie.