Na poszukiwanie zaginionego na planecie małp komandora Taylora (Charlton Heston) zostaje wysłany astronauta Brent (James Franciscus). Podobnie jak jego poprzednik, Brent przelatuje przez wir czasoprzestrzenny i rozbija się na opanowanej przez inteligentne małpy Ziemi przyszłości. Na miejscu bohater odkrywa, że Taylor zaginął w tzw. zakazanej strefie. Małpy przygotowują wyprawę wojenną celem zdobycia tych terenów i poszerzenia swojego terytorium. Brent razem z Novą (Linda Harrison) wyrusza do strefy, by odnaleźć Taylora.

W fascynującej drugiej odsłonie sagi Małp, na poszukiwania Taylora (Charlton Heston), pokonując barierę czasu przybywa kolejny astronauta. Śmiała misja ratunkowa prowadzi do podziemnego miasta, w którym zmutowani ludzie oddają cześć śmiercionośnej broni mogącą zniszczyć całą planetę.

Druga odsłona sagi o Planecie Małp zaczyna się dokładnie w momencie zakończenia jej części pierwszej. Taylor wraz z Novą przemierzają terytorium "zakazanej strefy". W tym samym czasie kolejny astronauta - Brent, rozbija się na powierzchni planety. Mężczyzna spotyka jadącą samotnie konno Novę. Dociera z nią do Miasta Małp, gdzie od Corneliusa i Ziry dowiaduje się o Taylorze. Ruszając jego śladem trafia do tytułowych podziemi Planety Małp, gdzie wciąż żyje ocalała z atomowego ognia garstka ludzi. Tymczasem wojownicze goryle ruszają z potężną armią do "zakazanej strefy", przeciwko tejże resztce ludzkości. Krwawa konfrontacja jest nieunikniona.

Astronauta Brent (James Franciscus) podejmuje się misji odnalezienia zaginionego statku kosmicznego Taylora (Charlton Heston). Brent przybywa na Planetę Małp, w podziemiach której znajduje się bomba nuklearna mogąca unicestwić życie planety. Czy odważnym śmiałkom uda się zapobiec zagładzie?