Wrocław, 22 maja 1963 roku. Łucja Winter – doświadczona oficer wywiadu – wraca z niebezpiecznej misji w Indiach, której cel jest owiany głęboką tajemnicą. Gdy wydaje się, że wszystko zakończy się sukcesem, w mieście wybucha epidemia ospy prawdziwej. Wrocław staje się miastem zamkniętym, w którym rozpoczyna się walka ze śmiertelnie groźnym i niewidzialnym przeciwnikiem. "Czarna śmierć" to historia, w której thriller medyczny w przenika się z pełną tajemnic opowieścią szpiegowską. Z jednej strony grupa lekarzy pod wodzą młodej i ambitnej Weroniki Przybysz (Anna Karczmarczyk) toczy heroiczną walkę ze śmiertelną chorobą, z drugiej prowadzone jest – przez dziennikarza lokalnej gazety Igora Bielika (Tomasz Ziętek) – śledztwo, które ma na celu wyjaśnienie tajemnicy pojawienia się ospy prawdziwej we Wrocławiu i ustalenie, kto był pacjentem zero. To opowieść o poświęceniu, pokonywaniu trudności, o lekarzach, którzy ryzykując własne zdrowie i życie walczą o życie pacjentów. To także historia o narastającej potrzebie wolności i prawdy, która jest silniejsza niż strach przed komunistyczną opresją. W serialu nie zabraknie humoru i dowcipu – mimo lęku przed chorobą ludzie we Wrocławiu musieli żyć i normalnie funkcjonować. Okazało się bowiem, że gdy w odciętym od świata miastem zaczęli rządzić lekarze, szybko skończyły się kolejki, towarów przestało brakować, a PRL-owska szarzyzna zaczęła nabierać powoli kolorów. Paradoksalnie, zamknięcie miasta przyniosło jego mieszkańcom powiew wolności i normalności, którego wcześniej tak bardzo brakowało. "Czarna śmierć" to historia inspirowana prawdziwymi wydarzeniami, które rozegrały się we Wrocławiu latem 1963 roku. Główna bohaterka serialu – Weronika Przybysz –wzorowana jest na doktor Alicji Surowiec, która za swoją postawę w trakcie epidemii ospy otrzymała tytuł Polki Roku 1963. Kierowała ona utworzonym specjalnie na potrzeby leczenia osób chorych na ospę szpitalem w miejscowości Szczodre k. Wrocławia i urządzonym tam izolatorium, mając – prócz siebie – do dyspozycji jedynie dwóch lekarzy. Mimo braku właściwych narzędzi, lekarstw, braku osób, opiekowała się śmiertelnie chorymi do ostatniego dnia epidemii. 

Młody ksiądz staje na czele oddziału, który napada na rosyjski garnizon. Jego tropem rusza siejący postrach pułkownik Maniukin.

Podrywacz zrobi wszystko, by zdobyć serce pięknej nieznajomej. Nawet jeśli ta, już za dwa tygodnie, ma stanąć na ślubnym kobiercu, by powiedzieć "tak" innemu facetowi.

Trzy pozornie różne dziewczyny jednoczą się we wspólnej sprawie podczas małomiasteczkowego festynu.

Dwa zwalczające się środowiska, dwa przeciwstawne pomysły na życie, a w tym wszystkim ona i on... I miłosne uczucie wystawione na największą próbę.

Pomimo różnych poglądów Pola i Staszek zakochują się w sobie. Los sprawia, że ich związek zostaje wystawiony na próbę.

Młoda lekarka Magda spotyka przypadkiem tajemniczego i przystojnego dziennikarza Mateusza. Zauroczona nowo poznanym mężczyzną nie wie, że nad rodzącym się uczuciem od początku wisi złe fatum.

Odnalezione ciało zostaje powiązane ze sprawą siostry warszawskiego prokuratora, która zniknęła 25 lat wcześniej.

Uwielbiani bohaterowie wracają. Ich losy znów splotą się w przeddzień Bożego Narodzenia, a nowe postaci wywrócą ich życie do góry nogami.

Pod koniec II wojny światowej bohater wojenny zostaje rządowym agentem, który otrzymuje tajną misję: ma negocjować z Brytyjczykami wsparcie dla polskiego podziemia.

Kiedy z komisariatu w Tczewie zostaje ukradziona marihuana, agenci Dzik i Żubr postanawiają odszukać sprawców.

Marek i Jola mają dwoje dzieci: dorastającego Kamila i nastoletnią Dusię. Zawsze mieli świetny kontakt, kochają się, są dla siebie ważni. Jednak dzieci powoli zaczynają żyć własnym życiem, co rodziców niepokoi.

Po śmierci Soczka policjanci z warszawskiej komendy rozpoczynają śledztwo. Na wezwanie komendanta do stolicy przybywają Nielat zwany Quantico, Metyl oraz Despero, którzy mają za zadanie powstrzymać gangi walczące między sobą o miasto.

Kiedy znika trzyletnie dziecko mecenas Chyłka postanawia rozwikłać tę sprawę.

Przebiegły Volta zrobi wszystko, by zdobyć drogocenne znalezisko.