Nagrody
89Oscary
Oscar - Najlepszy długometrażowy film animowany za Guillermo del Toro: Pinokio (2022)
Oscar - Najlepszy film za Kształt wody (2017)
Oscar - Najlepszy reżyser za Kształt wody (2017)
Oscar - Najlepszy film za Zaułek koszmarów (2021)
Oscar - Najlepszy scenariusz oryginalny za Kształt wody (2017)
Oscar - Najlepszy scenariusz oryginalny za Labirynt fauna (2006)
Złote Globy
Złoty Glob - Najlepszy scenariusz za Kształt wody (2017)
BAFTA
BAFTA - Najlepszy film za Kształt wody (2017)
BAFTA - Najlepszy scenariusz oryginalny za Kształt wody (2017)
BAFTA - Najlepszy scenariusz oryginalny za Labirynt fauna (2006)
Cannes
Nagroda Specjalna - Nagroda firmy Mercedes-Benz za Cronos (1993)
Złota Palma - Udział w konkursie głównym za Labirynt fauna (2006)
MFF w Wenecji - Biennale Cinema
Nagroda Specjalna - Nagroda CICT-IFTC za Kształt wody (2017)
Nagroda Specjalna - Nagroda Festiwalu Przyszłości Kina (Future Film Festival Digital Award) za Kształt wody (2017)
Nagroda Specjalna - Nagroda Organizacji Narodów Zjednoczonych do Spraw Oświaty, Nauki i Kultury (UNESCO) im. Enrico Fulchignoniego za Kształt wody (2017)
Złoty Lew - Najlepszy film za Kształt wody (2017)
Złoty Lew - Udział w konkursie głównym za Frankenstein (2025)
Saturny
Saturn - Najlepsza reżyseria za Zaułek koszmarów (2021)
Saturn - Najlepsza reżyseria za Kształt wody (2017)
Saturn - Najlepszy scenariusz za Kształt wody (2017)
Saturn - Najlepsza reżyseria za Crimson Peak. Wzgórze krwi (2015)
Saturn - Najlepszy scenariusz za Crimson Peak. Wzgórze krwi (2015)
Saturn - Najlepszy scenariusz za Hobbit: Bitwa Pięciu Armii (2014)
Saturn - Najlepsza reżyseria za Pacific Rim (2013)
Saturn - Najlepszy scenariusz za Hobbit: Pustkowie Smauga (2013)
Saturn - Najlepsza reżyseria za Labirynt fauna (2006)
Saturn - Najlepszy scenariusz za Labirynt fauna (2006)
Saturn - Najlepszy scenariusz za Mutant (1997)
Critics' Choice Awards
Critics' Choice - Najlepszy reżyser za Zaułek koszmarów (2021)
Critics' Choice - Najlepszy scenariusz oryginalny za Kształt wody (2017)
Annie
Annie - Najlepsze indywidualne osiągnięcie: reżyseria animowanej produkcji kinowej za Guillermo del Toro: Pinokio (2022)
Annie - Najlepsze indywidualne osiągnięcie: reżyseria animowanej produkcji telewizyjnej za 3 nie z tej ziemi: Opowieści z Arkadii (2018) - za odciek "Terra Incognita" część pierwsza
Satelity
Satelita - Najlepszy reżyser za Kształt wody (2017)
Satelita - Najlepszy scenariusz oryginalny za Kształt wody (2017)
Film Independent
Independent Spirit - Najlepszy film za Labirynt fauna (2006)
Goya
Goya - Najlepszy reżyser za Labirynt fauna (2006)
Energa Camerimage
Pokazy Specjalne - Udział w sekcji za Frankenstein (2025)
Pokazy Specjalne - Udział w sekcji za Kształt wody (2017)
AACTA - Nagrody Międzynarodowe
Miedzynarodowe AACTA - Najlepszy reżyser zagraniczny za Kształt wody (2017)
Amanda
Amanda - Najlepszy kinowy film zagraniczny za Kształt wody (2017)
Amerykańska Gildia Producentów Filmowych
Złoty Laur - Najlepszy producent filmu animowanego za Guillermo del Toro: Pinokio (2022)
Złoty Laur - Nagroda im. Darryla F. Zanucka dla najlepszego producenta filmowego za Kształt wody (2017)
Złoty Laur - Najlepszy producent filmu animowanego za Księga życia (2014)
Amerykańska Gildia Reżyserów Filmowych
DGA - Najlepsze osiągnięcie reżyserskie w filmie fabularnym za Kształt wody (2017)
Amerykańska Gildia Scenarzystów
WGA - Najlepszy scenariusz adaptowany za Zaułek koszmarów (2021)
WGA - Najlepszy scenariusz oryginalny za Kształt wody (2017)
Hugo
Hugo - Najlepsza prezentacja dramatyczna - długa forma za Labirynt fauna (2006)
Hugo - Najlepsza prezentacja dramatyczna - długa forma za Kształt wody (2017)
Hugo - Najlepsza prezentacja dramatyczna - długa forma za Pacific Rim (2013)
Hugo - Najlepsza prezentacja dramatyczna - długa forma za Hobbit: Niezwykła podróż (2012)
Hugo - Najlepsza prezentacja dramatyczna - długa forma za Hellboy: Złota armia (2008)
IFTA
IFTA - Najlepszy film zagraniczny za Kształt wody (2017)
Internetowe Towarzystwo Krytyków Filmowych (OFCS)
OFCS - Najlepszy scenariusz oryginalny za Labirynt fauna (2006)
OFCS - Najlepszy scenariusz adaptowany za Guillermo del Toro: Pinokio (2022)
OFCS - Najlepszy reżyser za Kształt wody (2017)
OFCS - Najlepszy scenariusz oryginalny za Kształt wody (2017)
OFCS - Najlepszy reżyser za Labirynt fauna (2006)
MFF w Toronto
Nagroda Publiczności - Drugie miejsce za Frankenstein (2025)
Robert
Robert - Najlepszy film amerykański za Kształt wody (2017)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z Chicago (CFCA)
Chicago Flame - Najlepszy scenariusz adaptowany za Guillermo del Toro: Pinokio (2022)
Chicago Flame - Najlepszy reżyser za Kształt wody (2017)
Chicago Flame - Najlepszy scenariusz oryginalny za Kształt wody (2017)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z Denver (DFCS)
DFCS - Najlepszy scenariusz adaptowany za Guillermo del Toro: Pinokio (2022)
DFCS - Najlepszy reżyser za Kształt wody (2017)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z Filadelfii (PFCC)
PFCC - Najlepszy reżyser za Zaułek koszmarów (2021)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z Florydy (FFCC)
FFCC - Najlepszy scenariusz adaptowany za Guillermo del Toro: Pinokio (2022)
FFCC - Najlepszy reżyser za Kształt wody (2017)
FFCC - Najlepszy scenariusz oryginalny za Kształt wody (2017)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z Georgii (GAFCA)
GAFCA - Najlepszy scenariusz adaptowany za Guillermo del Toro: Pinokio (2022)
GAFCA - Najlepszy reżyser za Kształt wody (2017)
GAFCA - Najlepszy scenariusz oryginalny za Kształt wody (2017)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z Los Angeles (LAFCA)
LAFCA - Najlepszy reżyser za Kształt wody (2017)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z San Diego (SDFCS)
SDFCS - Najlepszy scenariusz adaptowany za Guillermo del Toro: Pinokio (2022)
SDFCS - Najlepszy reżyser za Zaułek koszmarów (2021)
SDFCS - Najlepszy scenariusz adaptowany za Zaułek koszmarów (2021)
SDFCS - Najlepszy reżyser za Kształt wody (2017)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z San Francisco (SFBAFCC)
SFBAFCC - Najlepszy reżyser za Kształt wody (2017)
SFBAFCC - Najlepszy scenariusz oryginalny za Kształt wody (2017)