Po tym, jak meteoryt sprowadza na ziemię Ghidorah, trójgłowego potwora, Mothra stara się zjednoczyć z Godzillą i Rodanem, by razem pokonać zagrożenie.

Samuraj Sanjuro przybywa do wioski, gdzie toczy się walka o władzę. Gdy przywódcy klanów zauważają jego ogromne zdolności, postanawiają nakłonić najemnika, by dla nich pracował.

Zahartowany w boju generał, podjudzany przez żonę, pragnie wypełnić przepowiednię, aby zostać władcą Pajęczego Zamku. Dążąc do celu, popełnia kolejne zbrodnie.

Obudzony potężnym wybuchem potwór przemierza Japonię, siejąc śmierć i spustoszenie.