Okay, albo to było trochę chaotyczne, albo jakoś ciężko mi się myśli, bo niewiele zrozumiałam z twojej wypowiedzi... Może oba na raz, ale mimo to postaram się trochę rozjaśnić.

Zacznijmy od końca. Duchy, to nie są dusze, których żniwiarze nie zdążyli zabrać. Bardzo ładnie będzie to pokazane w sezonie siódmym, ale myślę, że bez większych spoilerów mogę ci to wyjaśnić.
Pamiętasz, gdy w drugim sezonie Dean był w śpiączce i ganiał po szpitalu? Więc tak naprawdę on był już wtedy martwy, a podtrzymywały go tylko maszyny. To co chodziło po szpitalu ze świadomością i wyglądem Deana to była jego dusza. Jak wiesz, spotkał też wtedy żniwiarza, który namawiał go do "pójścia dalej". No i waśnie tu jest sedno sprawy. Duchy to dusze, które nie zgodziły się na pójście ze żniwiarzem. Oni nie mogą wziąć ich na siłę, bo każda dusza ma wyjście. Jednak jeżeli zdecyduje się pozostać na Ziemi, to niestety nie ma już odwrotu. Prędzej czy później robi się złośliwa i tak powstaje zły/mściwy duch.

Żniwiarze, to posłannicy Śmierci. Byty, które "latają" po Ziemi i zbierają dusze. Z tego, co pokazane jest w serialu, żniwiarz zjawia się jeszcze przed śmiercią człowieka i oczekuje jej, aby wtedy przetransportować duszę do nieba lub piekła.
Dusza ludzka nie może trafić do czyśćca: jest to miejsce dla dusz potworów (tak, one też mają "dusze").

Czym jest dusza? Z tego, co wiadomo, stworzenia takie jak anioły, demony i oczywiście jeźdźcy apokalipsy, mogą wykorzystywać dusze jako broń. Gdy je "wchłoną" maja większą siłę, moc. Stąd wniosek, że dusze w Supernatural, to energia która pozostaje po danym bycie. Są to nasze emocje, sumienie, wspomnienia. Bez duszy można żyć, o czy dowiesz się, jak dojdziesz do szóstego sezonu. Nie chcę ci spoilerować, ale ogólnie mówiąc, człowiek bez duszy istnieje, ale jest jak bardzo sprytny socjopata.
Reasumując: dusza to energia istniejąca w danym bycie, która warunkuje istnienie emocji czy sumienia. Na duszy zapisywane są także wspomnienia, dzięki czemu każda dusza ma "swoje niebo" (o tym także będzie w kolejnych sezonach).

Duszę można "schwytać" i "zszamać", a przynajmniej potrafią to robić istoty wyższe od ludzi. Wystarczy, że ubiegną żniwiarza, albo wykorzystają duszę siedzącą np. w piekle. Mogą one także korzystać z energii duszy, która jest jeszcze w żywym człowieku. Dusze, które zostały "spożyte" to takie jakby baterie, z tą różnicą, że jak się wyczerpią, to znikają. Jeżeli zostanie wchłonięta, to nie idzie nigdzie dalej, chyba że zostanie wypuszczona zanim się zużyje. Więc doktor-alkoholik zwyczajnie został wykorzystany jako energia, zniknął, przestał istnieć.

Mam nadzieję, że trochę rozjaśniłam.

Dzięki, trochę rozjaśniłaś sytuacje. Przyznaje nieco chaotycznie się wypowiedziałem, ale to taki chaotyczny temat :P. Z ta dusza to chodziło mi o fragment z Jeźdźcem Głodem. Były sytuacje że pospolite demony Lucka nosiły te dusze w walizkach (troche mi się to z Pulp Fiction skojarzyło) a ten Jeździec je zajadał. Zastanawiam się gdzie byli Żniwiarze, czemu tej duszy wcześniej nie wzięli...

Może dlatego, że demony są potężniejsze od żniwiarzy, co również można było zaobserwować w drugim sezonie (Żółtooki opętał żniwiarza, który miał zabrać Deana).