Odcinek 1 "Unimatrix Zero", patrz poprzedni sezon.
Odcinek 2 "Imperfection", wreszcie większość ex-dronów wraca na swoje planety, powoduje to wzruszenie u 7, które jednak tłumaczy wadliwym implantem ocznym. Zaraz jednak okazuje się że nie działa jej również implant korowy i załoga Voyagera musi znaleźć nowy
Odcinek 3 "Drive", świeżo awansowany Tom zamierza wziąć udział w intergalaktycznym wyścigu ku niezadowoleniu B'Elanny, która planowała wspólny weekend. Po początkowym niezadowoleniu bierze udział w wyścigu razem z nim. Poten następuje parę łzawych scen kończących się oświadczynami.
Odcinek 4 "Repression", Voyagerem wstrząsa seria ataków na byłych Maquis. Okazuje się że jakiś bajorański guru (w tej roli Szarabajka) opanował Tuvoka i zamierza zrobić rewolucję. Dobry odcinek chociaż nie łączy się trochę z resztą serialu.
Odcinek 5 "Critical Care", Doktor zostaje ukradziony i trafia na planetę gdzie - o zgrozo - o leczeniu decyduje przydatność społeczna.
Odcinek 6 "Inside Man", Barclay przesyła na Voyagera swój hologram, znajduje też sposób na szybsze sprowadzenie statku na Ziemię. Niestety okazuje się, że program zostal przejęty przez Ferengi, którzy zamierzają zbić fortunę na nanosondach 7.
Odcinek 7 "Body and Soul", odcinek wyreżyserowany przez Parisa. Tuvok przechodzi pon-farr podczas gdy na wypadowej misji Doktor musi zostać "wgrany" w 7. I w nowym ciele zaczyna się zachowywać w zupełnie nietypowy dla 7 sposób.
Odcinek 8 "Nightingale", odcinek w którym Kim po raz pierwszy dowodzi samodzielną misją.
Odcinek 9&10 "Flesh and Blood", holodekowe zabawy Hirogenów źle się skończyły. Stworzona przez nich zwierzyna okazała się za inteligentna i prowadzena przez holograficznego Bajoranina Idena wszczynają bunt.
Odcinek 11 "Shattered", porażka, Chakotaya coś atakuje i zaczyna przemieszczać sie wczasie.
Odcinek 12 "Lineage", okazuje się B'Elanna jest w ciąży i wszyscy zaczynają jest dobrze życzyć i jest tak miło, że nawet Borg by tego nie znieśli dopóki nie pojawia się pierwszy problem. Córka nadal będzie miała wyraźne klingońskie cechy przed czym B'Elanna bardzo chciałaby ją uchronić.
Odcinek 13 "Repentance", Voyager przejmuje grupę obcych, którzy okazują się więźniami i strażnikami. Jeden z więźniów okazuje się podatny na resocjalizację.
Odcinek 14 "Prophecy", Voyager zostaje znaleziony przez okręt nawiedzonych Klingonów. Poszukuję oni mesjasza ze starej przepowiedni i tym mesjaszem okazuje się oczywiście dziecko B'Elanny. Zważywszy że jest to mieszaniec sa jednak wśród Klingów niedowiarki i Paris będzie nawet musiał z jednym walczyć przy niezłym temacie bitewnym.
Odcinek 15 "The Void", Voyager trafia na jakąś kosmiczną dziurę gdzie Janeway oczywiście dalej próbuje postępować według zasad chyba za szkółko niedzielnej.
Odcinek 16&17 "Workforce", większość załogi Voyagera zostaje porwana, poddana praniu mózgu i zamieniona w wykwalifikowaną siłę roboczą. Dlaczego nie mają wlasnej nie wiadomo, ale nie mają i ściągają skąd się da. Nieasymilowany Chakotay wkrótce zaczyna jednak dywersję.
Odcinek 18 "Human Error", 7 próbuje się socjalizować i opracowała sobie holodek który ma jej w tym pomagać. Nie ma w nim implantów, nosi regulaminowy mundur i dodała sobie nawet romansik z Chakotayem. Program okazuje się jednak za dobry i wskutek blokowanych emocji 7 doznaje awarii.
Odcinek 19 "Q2", Janeway musi zaopiekować się niepokornym synem Q, w tej roli prawdziwy syn Johna de Lancie.
Odcinek 20 "Author, Author", Doktor napisał swój pierwszy holodek który na pniu kupił ziemski wydawca. Po sprawdzeniu fabuły Paris i reszta załogi dochodzi do wniosku że jest ona naciągana i tendencyjna. Próbują więc przekonać barda do zmian.
Odcinek 21 "Friendship One", Voyager trafia na planetę zamieszkaną przez obcych których cywilizacja w jakiś sposób została zniszczona przez ziemską sondę kosmiczną. Teraz żyją pod ziemią i Janeway postanawia im pomóc.
Odcinek 22 "Natural Law", 7 i Chakotay w drodze na jakąś konferencję rozbijają się na planecie dzikusów. Okazuje się że sa oni sztucznie utrzymywani w tym stanie przez oficjalne władze.
Odcinek 23 "Homestead", Voyager znajduje osadę Talaxian mieszcząca się na asteroidzie. Jako że znajduje się tu również jakiś cenny surowiec miejscowa rasa zamierza ich wypędzić. Neelix prowadzi ich jednak do walki i nawet się zakochuje.
Odcinek 24 "Renaissance Man", Hierarchia porywa Janeway i każe Doktorowi wykraść rdzeń warp.
Odcinek 25 "Endgame", ostatni odcinek toczący się równolegle w dwóch liniach czasowych. Admirał Janeway z przyszłości postanawia przypieszyć powrót Voyagera na Ziemię, w tym celu kradnie jakąś technologię od Klingonów i przenosi się do przeszłości. Zamierza wykorzystać tajny korytarz warp Borg co oczywiście nie podoba się ich Królowej. Admirał Janeway daje się nawet pozornie zasymilowac żeby zarazić kolektyw patogenem. Chakotay dość ostro krytykował ten odcinek i pod pewnymi względami nie ma sie co dziwić, niektóre wątki pozamykane są na siłę a dodatkowo z przyczyn do których nie dotarłem Królowej Borg nie gra już Suzanna Thompson, a znana z VIII filmu Alice Krige.