Akcja gry rozgrywa się tuż po wydarzeniach mających miejsce po zakończeniu "S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl". Po odkryciu ścieżki do centrum Zony, rząd postanawia uruchomić operację „Fairway” by przejąć kontrolę nad CNPP. Pierwsza grupa została wysłana w obszar Zony po to, by stworzyć szczegółowe mapy lokacji. Pomimo dobrze przygotowanej akcji, operacja kończy się niepowodzeniem. Większość z wysłanych helikopterów rozbija się. W celu zbadania przyczyn niepowodzenia akcji "Fairway" w obszar Zony wysłana zostaje Ukraińska Agencja Ochrony z agentem Alexandrem Degtyarevem na czele. Od teraz wszystko w rękach gracza!