"Star Wars Episode I: The Phantom Menace" jest grą opartą na filmie o tym samym tytule. Federacja Handlowa planuje inwazję na rządzoną przez królową Amidalę planetę Naboo. W celach dyplomatycznych przybywając z Coursant dwaj rycerze Jedi: Qui-Gon Jinn oraz jego uczeń Obi-Wan Kenobi. Do negocjaji jednak nie dochodzi i zaatakowani Jedi muszą uciekać. Splot przypadkowych wdarzeń sprawi, że trafią m.in. do podwodnego miasta Gunganów oraz na planetę Tatooine, gdzie poznają Anakina Skywalkera. Wciel się w postacie znane z filmu Georga Lucasa i stawiając czoło Sithom uchroń Naboo przed zagładą!