Walka gigantów trwa!. Potężny Kong i przeraźliwy Godzilla są zmuszeni stawić czoło kolosalnemu, nieodkrytemu zagrożeniu, kryjącemu się w naszym świecie. Stawia ono pod znakiem zapytania istnienie potworów… oraz nasze. Godzilla i Kong: Nowe imperium dokładniej zgłębia historię tych tytanów oraz ich początki, jak również tajemnice Wyspy Czaszki i nie tylko. Jednocześnie ukazuje mityczną batalię, która przyczyniła się do powstania tych niezwykłych istot i związania ich losu z ludzkością już na zawsze.

Podczas gdy Godzilla walczy z tytanami, chroniąc ludzkość, w dziale badań nad Kongiem stworzona zostaje mapa Pustej Ziemi, gdzie małpa nieustannie jest monitorowana. Sieć czujników wykrywa jednak sygnał z niezbadanego terenu, co wyczuwa głuchoniema Jia (Kaylee Hottle), jedyna ocalała z plemienia i adoptowana córka prowadzącej basania Ilene (Rebecca Hall). Jej rysunki niepokoją matkę, która wie, że coś jest na rzeczy, dlatego prosi Berniego (Brian Tyree Henry) o pomoc. Kiedy analityk odkrywa, że to sygnał SOS nadawany spod ziemi, Godzilla zaczyna się przemieszczać, wyczuwając zagrożenie...