Agent jednostki Impossible Missions Force, Ethan Hunt (Tom Cruise), postanawia zmienić swoje życie i wreszcie się ustatkować. W dniu zaręczyn z Julią (Michelle Monaghan) dostaje jednak wiadomość o zaginięciu funkcjonariuszki Lindsey Farris (Keri Russell). W tajemnicy przed narzeczoną Ethan podejmuje się misji ratunkowej. Okazuje się, że Lindsey została porwana przez handlarza bronią Owena Daviana (Philip Seymour Hoffman). Wydaje się, że operacja tajnego agenta ma szansę powodzenia. Rzeczywiście, Huntowi szybko udaje się znaleźć i odbić Farris. Wkrótce dochodzi jednak do tragedii. Przestępcy wszczepili bowiem w głowę kobiety ładunek wybuchowy. Uwolniona agentka ginie na skutek jego eksplozji. Hunt rusza do Watykanu, gdzie ma przejąć broń chemiczną, a także schwytać przebywającego tam Daviana, odpowiedzialnego za śmierć Lindsey. Udaje mu się aresztować gangstera, lecz jego sukces jest krótkotrwały. W drodze do Ameryki przebiegły handlarz zostaje uwolniony przez swoich ludzi. Wkrótce porywa Julię. W zamian za darowanie jej życia żąda, aby Hunt wykradł dla niego potężną broń.

Po tym jak Ethan Hunt postanowił się ustatkować i wsiąść ślub jego rola w agencji IMF uległa zmianie. Zamiast brać udział w misjach niemożliwych do wykonania szkoli przyszłych agentów, którzy te misje będą wykonywali. Niedługo przed jego ślubem jego uczennica zostaje złapana podczas wykonywania zadania. Ethan postanawia wrócić do starej roboty i odbić agentkę z rąk terrorystów co wywołuje łańcuszek zdarzeń, które w rezultacie prowadzą do wciągnięcia w sprawę nieświadomej niczego narzeczonej Hunta. Po wielu zadaniach jakie Ethan wykonał dla agencji, agencja (a przynajmniej jej piątka członków) postanawia pomóc Huntowi w odzyskaniu jego kobiety z rąk maniaka imieniem Owen Dawian, który chce doprowadzić świat do upadku za pomocą broni chemicznej o dziwnej nazwie "królicza łapa".

Kolejna, trzecia z kolei część opowieści o przygodach agenta IMF  Ethana (Tom Cruise), który musi zmierzyć się z bardzo niebezpiecznym i nieuchwytnym handlarzem zaawansowanych technologicznie broni - Ovenem Devianem (Philip Seymour Hoffman). Przy pomocy trójki agentów Ethan próbuje go schwytać, a także uratować swoją niedawno poślubioną żonę Julię (Michelle Monaghan), która została porwana przez Deviana. W zamian za życie Julii, Ethan musi dostarczyć Devianowi w ciągu 48 godzin "Króliczą Łapkę", inaczej żona głównego bohatera zginie.

Superagent Ethan Hunt (Tom Cruise) chce się ustatkować. Nie bierze już udziału w "niemożliwych misjach", szkoli tylko nowych agentów IMF (czyli Impossible Missions Force), a przede wszystkim szykuje się do żeniaczki ze śliczną Julią (Michelle Monaghan). Kiedy jednak wychowanica Ethana, początkująca agentka Farris, wpada w tarapaty, bohater nie może się powstrzymać i bierze udział w akcji ratunkowej. W ten sposób po raz pierwszy zmierzy się z niejakim Owenem Davianem (Philip Seymour Hoffman) - potężnym handlarzem nowoczesnych technologii wojennych, nieuchwytnym superprzestępcą. Złapanie tego wyjątkowo groźnego drania stanie się nową "niemożliwą misją" Hunta. Ale zadzieranie z Davianem to ryzykowna gra - szczególnie jeżeli ma się młodą, ukochaną narzeczoną.

Superszpieg Ethan Hunt pracujący dla agencji IMF (Impossible Mission Force) tym razem musi stawić czoła niezwykle trudnemu zadaniu. Żądny zemsty na Ethanie psychopatyczny przestępca Owen Davian porywa jego żonę, a następnie stawia ultimatum: Ethan ma 48 godzin na spełnienie żądań Owena lub kobieta zginie.
Ale czy można ufać psychopacie i wchodzić z nim w układy? I jak w ogóle wykonać misję, która wydaje się niemożliwa? I czy Ethan może zaufać kolegom z agencji, gdy wszystkie poszlaki wskazują na to, że część z nich współpracuje z Owenem...?

Dwoje skrępowanych ludzi siedzi naprzeciw siebie. Są to Ethan Hunt i jego ukochana Julia. Ponieważ Ethan nie może dać Davian'owi tajemniczej "Króliczej Łapki", ten zabija Julię i informuje Ethana o tym, iż wszczepił mu w głowę ładunek wybuchowy.

Kilka dni wcześniej ...
W dniu swoich zaręczyn Ethan, który zajmuje się już tylko szkleniem przyszłych agentów, dowiaduje się, że pewien handlarz na czarnym rynku, Owen Davian, uprowadził szkoloną przez niego agentkę Lindsey Farris. Miotany sprzecznymi uczuciami, Ethan zgadza się po kryjomu przed narzeczoną, wziąć udział w akcji. Akcja się udaje, jednak Lindsey ma wszczepiony w głowę ładunek wybuchowy, który aktywuje się i zabija agentkę. Nazajutrz Ethan dowiaduje się, że Owen ma być w Watykanie, aby przeprowadzić transakcję kupna "Króliczej Łapki". Tuż przed rozpoczęciem akcji mającej na celu dorwanie Daviana, Ethan żeni się z Julią.

Tom Cruise po raz kolejny wciela się w Ethana Hunta w ekscytującym thrillerze wyreżyserowanym przez J.J. Abramsa (Zagubieni, Agentka o stu twarzach). Zmuszony przez przełożonych (Laurence Fishburne i Billy Crudup) do powrotu do agencji, Hunt staje naprzeciw najokrutniejszego przeciwnika, z jakim dane mu było walczyć - bezwzględnego handlarza bronią Owena Daviana (zdobywca Oscara Philip Seymour Hoffman). Z pomocą członków zespołu IMF (Ving Rhames, Jonathan Rhys Meyers oraz Maggie Q) Ethan rozpoczyna niesamowity wyścig od Rzymu, aż po Szanghaj, by ocalić porwana agentkę (Keri Russell) i powstrzymać Daviana przed wyeliminowaniem następnego celu - swojej żony Julii (Michelle Monaghan).

Ethan Hunt (Tom Cruise), agent Mission Impossible Force, próbuje ustatkować swoje, dotąd burzliwe, życie. Niespodziewanie dostaje informacje o szkolonej niegdyś przez niego agentce Lyndsey Farris, która zaginęła wykonując swoją misję. Wraz ze zwerbowanym zespołem rusza odbić agentkę z rąk handlarza bronią - Owena Daviana (Philip Seymour Hoffman). Wydarzenia przybierają niespodziewanego obrotu i zaczyna się kolejna Mission: Impossible.

Ethan Hunt stara się wieść spokojne, ustatkowane życie u boku swej ukochanej. Mężczyzna przestał brać aktywny udział w operacjach specjalnych i zajmuje się szkoleniem przyszłych agentów. Pewnego dnia dowiaduje się jednak, że jedna z jego byłych uczennic zaginęła w trakcie jednej z akcji. Hunt rusza z zespołem odbić ją z rąk niebezpiecznego handlarza bronią - Owena Daviana. Trzecia część opowieści o przygodach błyskotliwego agenta IMF Ethana Hunta, który musi zmierzyć się z bardzo niebezpiecznym i nieuchwytnym przestępcą.