Film inspirowany prawdziwą historią. Drobny przestępca wysłany do Alcatraz w 1930r. zostaje złapany na usiłowaniu ucieczki. Karą jest odesłanie do izolatki. Maksymalny czas zamknięcia w izolatce wynosi 19 dni, ale Henry spędza tam 3 lata, w kompletnych ciemnościach i zimnie. W wyniku tego staje się szaleńcem, a niedługo potem mordercą. Film śledzi poczynania prawnika, który usiłuje udowodnić, że winę za śmierć ponosi Alcatraz i Henry nie powinien być schwytany.

Alcatraz - najcięższe więzienie na świecie, przeznaczone dla sprawców największych zbrodni, stało się miejscem cierpień niewinnych. Henri Young był jednym z nich. Osadzony w mrocznych podziemiach, bity, torturowany i poniżany przez sadystycznego szefa więzienia, zapomniał że jest człowiekiem. Wtedy w jego życiu pojawił się prawdziwy przyjaciel. Młody adwokat James Stamphill wkroczył w ponure mury Alcatraz zdecydowany bronic Henri Younga. Między więźniem a obrońcą zrodziła się przyjaźń, która pomogła im przeciwstawić się potędze Alcatraz i całego systemu więziennictwa...

Więzienie w Alcatraz, rok 1938. Henri Young (Kevin Bacon), odsiadujący wyrok za kradzież pięciu dolarów z urzędu pocztowego, zostaje wraz z dwoma innymi więźniami przyłapany na próbie ucieczki, rozebrany do naga i wtrącony do lochu. Siedzi w wilgotnej ciemnicy o wysokości mniej więcej półtora metra. Wbrew regulaminowi, który dopuszcza stosowanie tej kary najwyżej przez dziewiętnaście dni, Young spędza w izolatce ponad trzy lata. Oprócz półgodzinnych ćwiczeń gimnastycznych poza celą, jedyną "rozrywką" są tu częste odwiedziny zastępcy naczelnika Alcatraz - Miltona Glenna (Gary Oldman), które dla Younga nieodmiennie kończą się otrzymaniem tęgiego lania.
W 1941 roku Henri Young powraca do więziennej społeczności. Fizycznie przypomina własny cień, a psychicznie - oszalałą bestię. W obecności dwustu świadków, przy użyciu stępionej łyżki zadaje śmiertelny cios więźniowi, który, jak się okazało był w zmowie za strażnikami i to jego zdrada uniemożliwiła powodzenie ucieczki, przez co Young wylądował w izolatce. W sądzie federalnym rozpoczyna się proces. Younga broni początkujący adwokat James Stamphill (Christian Slater).
Stamphill wie, że nie może wygrać sprawy. Może natomiast doprowadzić do złagodzenia wyroku skazującego. Musi tylko przekonać sędziów, że Young nie ponosi całkowitej odpowiedzialności za swój czyn, gdyż dopuścił się go w depresji spowodowanej trzyletnim pobytem w izolatce. Mecenas udowadnia, że w Alcatraz miały miejsce fakty bicia więźniów, przedstawia zdjęcia lochów. Adwokat nabiera przeświadczenia, że jego klient będzie sądzony za zabójstwo w afekcie. Tymczasem Young jest tak przerażony perspektywą powrotu do Alcatraz, że pragnie, by uznano go winnym morderstwa z premedytacją, za które z ulgą przyjmie orzeczenie kary śmierci.