W 1991 roku dokumentalista Józef Gębski, wspólnie z ekipą Studia Filmowego Kronika, jedzie do Charkowa i Miednoje na Ukrainie. Na miejscu trwają prace ekshumacyjne szczątków ofiar mordu dokonanego na polskich żołnierzach przez NKWD wiosną 1940 roku. Film pokazuje proces identyfikacji ofiar, a przeplatany jest scenami z przesłuchania dwóch żyjących organizatorów zbrodni katyńskiej, Soprunienki i Tokariewa.

W roku 1940 rozstrzelani zostali polscy jeńcy wojenni z obozów w Starobielsku i Charkowie. O ile zbrodnia katyńska została odkryta już w roku 1943 przez Niemców, to o masowych mordach i pozostałych miejscach pochówku niewiele było wiadomo do roku 1990, gdy rozpoczęto w tej sprawie śledztwo. Głównym narratorem filmu jest prokurator, Stefan Śnieżko, który od roku 1990 nadzorował śledztwo katyńskie. Jego relację, uzupełnioną o odczytywane zza kadru listy pomordowanych, zderzono z zapisem zeznań Piotra Karpowicza Soprunienki - szefa centralnego zarządu NKWD, który organizował akcję likwidacyjną Polaków w obozach w Kozielsku, Ostaszkowie i Starobielsku oraz Dmitrija Stiepanowicza Tokariewa - szefa zarządu NKWD w Kalininie, organizującego i nadzorującego zabójstwo ponad 6 tysięcy polskich policjantów. Na bazie dokumentów, zeznań i relacji Gębski odtwarza ostatnią drogę polskich oficerów z więzień przez katownie NKWD do pobliskich lasów, gdzie pochowano ich w masowych grobach. Ujawnia manipulacje władz komunistycznych i usilne próby zacierania śladów. Towarzyszy z kamerą śledczym i archeologom, którzy odnajdują miejsca pochówku i dokonują ekshumacji. "Nie zabijaj" to dokument historyczny, wpisujący się, obok "Lasu Katyńskiego" (1990) Marcela Łozińskiego czy "Pochowajcie mnie razem z nimi" (1994) Mirosława Dembińskiego, w nurt filmów, których celem było wypełnienie białych plam historii - rzetelny opis wydarzeń przemilczanych lub zmanipulowanych przez propagandę komunistyczną. To również swego rodzaju epitafium dla pomordowanych, których imienna lista niczym refren odczytywana jest przez narratora zza kadru.