Film opowiada o tym, jak żołnierz-weteran Wojny Secesyjnej, Nathan Algren (Tom Cruise), pod koniec 1876 roku przypływa do Japonii, aby szkolić żołnierzy imperatora Meiji. Ma to być przełamanie wiekowej tradycji, w której ochroną terytoriów zajmowali się wynajęci do tego wojownicy - samurajowie. Wojsko ma być narzędziem do uzyskania przewagi cesarza nad władcami lokalnych prowincji, którzy są niechętni wszelkim zmianom, a zwłaszcza idei zjednoczenia kraju. Zupełnie nieoczekiwanie dla samego siebie, Algren wplątuje się w konflikt zbrojny owych przywódców z cesarzem. W trakcie jednej z potyczek Amerykanin zostaje ranny i pojmany przez wojowników. Podczas tego uwięzienia poznaje odwieczny kodeks honorowy samurajów i ich lidera imieniem Katsumoto (Ken Watanabe). To wydarzenie zmienia jego poglądy i sprawia, że od tej pory wie on już po czyjej stronie konfliktu ma stanąć.

Kapitan Nathan Algren, niegdyś bohater wojenny, dziś męczony przez koszmary przeszłości alkoholik, za sprawą przyjaciela Granta (Billy Connolly) wyjeżdża do Japonii, gdzie ma trenować tamtejszą - właśnie modernizowaną przez Amerykanów - armię. Podczas potyczki z oddziałami buntownika Katsumoto (Ken Watanabe), nieprzygotowany batalion zostaje przetrzebiony, a sam Algren trafia do niewoli. Tam odnajdzie długo poszukiwany spokój, a także pozna drugą stronę konfliktu i jednych z ostatnich samurajów, po czym wspólnie z nimi stanie do nierównej walki o wielowiekową tradycję.

Rok 1876. Amerykanin, weteran wojny secesyjnej i walk z Indianami, teraz jednak życiowy rozbitek, kpt. Nathan Algren, otrzymuje lukratywny kontrakt: ma udać się do Japonii i szkolić tamtejszą armię, która modernizuje się, zastępując miecze bronią palną. Po przybyciu na miejsce bohater, wciągnięty w konflikt między swymi mocodawcami i broniącymi japońskiej tradycji samurajami pod wodzą Katsumoto, przechodzi głęboką wewnętrzną metamorfozę.

Jest rok 1876. Kapitan Nathan Algren (Tom Cruise) jest weteranem wojny secesyjnej. Prześladują go traumatyczne wspomnienia walk i rzezi dokonanych na niewinnych plemionach. Z braku lepszych alternatyw przyjmuje propozycję wyjazdu do Japonii, gdzie ma szkolić armię walczącą z nieposłusznymi rebeliantami - samurajami dowodzonym przez Katsumoto (Ken Watanabe). Nieprzygotowani, niedoświadczeni i strachliwi żołnierze nie są w stanie wygrać żadnej bitwy z perfekcyjnymi i jakże zdeterminowanymi wojownikami. Podczas jednej z nich Nathan zostaje pojmany i osadzony w niewoli w wiosce samurajów, gdzie ma niepowtarzalną okazję zapoznania się z japońską kulturą i obyczajami. Stopniowo, zafascynowany ideologią i życiem wojowników, zmienia swoje nastawienie do "wroga" i staje po stronie Katsumoto.

Kapitan Nathan Algren (Tom Cruise), właściwie już tylko wrak człowieka - męczony koszmarami alkoholik, a w przeszłości bohater wojny indiańsko - amerykańskiej, przyjmuje propozycję wyjazdu do Japonii, gdzie - za sowitą opłatą - ma szkolić wojsko cesarza Meiji. Ta nowoczesna armia ma zastąpić tradycyjny system, polegający na zatrudnianiu samurajów do obrony terytorium. Młodociany imperator - marionetka w rękach grupy przemysłowców i polityków - pragnie zdusić rebelię samurajów, dowodzoną przez charyzmatycznego Katsumoto (Ken Watanabe), który nie zgadza się na upowszechnienie w Japonii zachodniego stylu życia. Dowódcy, niepomni przestróg Algrena, wysyłają w bój niedoświadczonych żołnierzy. Waleczni samuraje, uzbrojeni w miecze i łuki, gotują im oczywiście krwawą łaźnię. Nathan zostaje ciężko ranny, ale determinacja i waleczność, z jaką stawia opór, sprawiają, że Katsumoto postanawia darować mu życie. Właśnie w ten sposób trafia on do niewoli. W wiosce ostatnich samurajów stopniowo poznaje ich język i zwyczaje. Pobiera lekcje japońskiego i kendo, nie zrażony wyciskiem, jaki dostaje od niechętnych mu wojowników. Coraz bardziej fascynuje go osoba Katsumoto i jego kodeks postępowania. Wreszcie odnajduje to, czego nigdy wcześniej nie zaznał - spokój i miłość. W efekcie Algren zmienia się radykalnie i przyłącza do partyzantów, gdyż wreszcie zrozumiał drugą stronę konfliktu. Postanawia walczyć o to, co pokochał... Gdy po kilku miesiącach samuraje ruszają w ostatni bój, mają przeciwko sobie już doskonale wyszkoloną i uzbrojoną armię cesarską. Tym razem Nathan stanie do nierównej walki u boku swego przyjaciela Katsumoto, aby bronić kilkusetletniej tradycji...

Kapitan Nathan Algren przybywa do Japonii z misją szkolenia nowej armii imperatora Meiji. Niestety, jego oddział zostaje za wcześnie poddany próbie - nie udaje im się stawić czoła samurajom, największym i najdzielniejszym wojownikom. Amerykanin broni zawzięcie swego życia i w obronie własnej uśmierca wielu uzbrojonych samurajów. Z niewiadomych mu przyczyn ich przywódca - Katsumoto nie zezwala na jego zamordowanie i zabiera go do własnej wioski. Tam wkrótce zostaje wyleczony, nie tylko z ran fizycznych, ale także z psychicznych. Wkrótce okazuje się, że z rozkazu Katsumoto Algren ma spędzić całą zimę w tejże osadzie, co pozwoli mu się lepiej zapoznać ze zwyczajami i mądrością wojowników. Dzięki temu zrozumie, że nie wszystko sprawy wyglądają tak, jak mu to wmówiono jakiś czas temu, gdyż samuraje walczą o niezależność Japonii od innych państw i o własne przetrwanie. Wbrew pozorom jest ich już coraz mniej, ponieważ wielu z nich oddało swe usługi imperatorowi. Algren uświadomi sobie w pewnym momencie, że na tym świecie jest jeszcze o co walczyć, pozna smak wielkiej przyjaźni i... miłości.

Rok 1876. Amerykański kapitan Nathan Algren, nękany traumatycznymi wspomnieniami z zakończonej właśnie wojny domowej, wyrusza do Kraju Kwitnącej Wiśni, gdzie, zgodnie z umową zawartą z tamtejszym dyplomatą, ma zająć się szkoleniem nowoczesnej armii. Wskutek błędnej decyzji japońskich dygnitarzy i wbrew negatywnej opinii Algrena, kompletnie nieprzygotowany oddział rekrutów zostaje wysłany z misją zduszenia w zarodku rebelii samurajów, dowodzonej przez charyzmatycznego osobnika imieniem Katsumoto. W efekcie młodzi żołnierze Nathana zostają zdziesiątkowani, a on sam trafia do niewoli.

Rok 1876. Kapitan Nathan Algren jest amerykańskim bohaterem wojennym. Wizje rzezi Czejenów, w których uczestniczył, nie dają mu spokoju. Pewnego dnia przyjmuje propozycję japońskiego dyplomaty i wyrusza do Kraju Kwitnącej Wiśni, aby zająć się szkoleniem tamtejszej armii. Nowoczesność, która pojawia się w odizolowanej dotychczas Japonii, niesie zagładę kodeksowi honorowemu, dla którego żyły i umierały kolejne pokolenia samurajów. Jeden z nich, Katsumoto, nie chce poddać się bez walki i staje na czele powstania. Japońscy dygnitarze, wbrew radom Algrena, przeciwko rebeliantom wysyłają oddział, który dopiero rozpoczął proces szkoleniowy. W starciu z samurajami żołnierze zostają zdziesiątkowani, a amerykański kapitan trafia do niewoli. Katsumoto zabiera go do swojej wioski w górach, aby zapoznać się z metodami walki tego nowego wroga z odległego kraju.

Tom Cruise w oszałamiającej filmowej epopei rozgrywającej się w Japonii w latach 70. XIX wieku, jako kapitan Nathan Algren, szanowany oficer amerykańskiej armii zatrudniony przez cesarza Japonii do wyszkolenia pierwszej współczesnej armii jego kraju. Kiedy władca próbuje wykorzenić samurajów będących pozostałością po dawnym cesarstwie w ramach wprowadzania podporządkowanej Zachodowi, sprzyjającej handlowi polityki, zaskoczony Algren zaczyna czuć podziw przed japońskimi wojownikami, co umieszcza go w centrum zmagań obejmujących dwie ery i dwa światy, w trakcie których może polegać wyłącznie na swoim poczuciu honoru jako "Ostatni samuraj".

Kapitan Nathan Algren nie może poradzić sobie z traumatycznymi przeżyciami wojennymi. W tym samym czasie japoński imperator Meiji wpada na pomysł utworzenia armii, mającej na celu zdusić rebelię samurajów. Na czele kompani staje charyzmatyczny Katsumoto, który jest przeciwny upowszechnianiu w Japonii zachodniego stylu życia. Kapitan Algren chce przeszkolić żołnierzy, ale japońscy dowódcy nie chcą słuchać jego rad. W wyniku starcia z samurajami amerykański dowódca zostaje ranny i wzięty do niewoli. Dopiero wśród samurajów jest w stanie osiągnąć spokój. Odkrywa tajniki japońskich sztuk walki, by wkrótce stanąć w obronie tradycji, przeciwko cesarskiej armii.