Interpretować film można na wiele sposobów. Tak naprawdę nie wiadomo, czy Zona ma magiczne miejsce do spełniania życzeń, czy jest ono wymyślone przez stalkerów w celach zarobkowych.
Kiedy stalker przeprowadza ludzi przez Zone, robi to okrężnymi ścieżkami, nakładając drogi w celu "uniknięcia niebezpieczeństw". Może żadnych niebezpieczeństw nie ma, a wydłużanie drogi ma na celu wpływanie na psychikę podróżników. Wpłynie to na ich opinie, jaka będą szerzyć, po wyjściu . W ich oczach bedzie miejscem tajemniczym, pełnym zagrożeń.Stalker podejmuje wszelkich środków bezpieczeństwa , rzucając metalowe nakrętki, w celu uniknięcia pułapek zony. Ostatecznie jednak, przez cały film, pomimo łamania zakazów stalkera, nikomu się staje się krzywda. Zagadkowa jest scena z pisarzem, który postanowił iść prosto do celu i usłyszał głos. Stalker stał wtedy za profesorem, wiec profesor powinien usłyszeć to zza pleców , wiec to nie on zawołał . Byc może to profesor, lub jakiś wspólnik stalkera . Im dalej idą, tym bardziej swobodnie czuja się ze swoimi myślami i jest coraz więcej ich dialogów i monologów. Idąc dalej, głębiej wchodzą we własne umysły. Może rola stalkera, to tak naprawdę rola terapeuty mająca za zadanie sprawić, aby stan psychiczny podróżników zmieniał się. W końcu każdy tam, wchodzi z jakimiś problemami, w celu ich rozwiązania.
W scenie w komnacie Pisarz jak i Profesor, są przekonani, że Zona nie spełnia życzeń. Nie próbują nawet przestąpić progu i wypowiedzieć ich na głos. Ostatecznie siadają we trójkę w komnacie, jest to ostatnia scena z Zony.
Zagadkowe jest to, jak bohaterowie dostali się z powrotem do baru, z którego wyruszyli. Są pogodzeni, a na dodatek przywieźli ze sobą towarzyszącego im w podróży psa.
Po powrocie do domu Stalker załamuje się. Twierdzi, ze nikomu na świecie Zona jest już niepotrzebna . Bohaterowie których przeprowadził, byli wg niego tak zmienieni przez okoliczności w ich życiach, ze w nic nie wierzą i niczego nie potrzebują . W ten sposób tłumaczy zapewne brak cudów, które powinny mieć miejsce po dotarciu do Komnaty .
Żona stalkera w jednej z końcowych scen opowiada o tym, ze wiedziała o ryzyku jakie podejmuje wiazac się z nim. Chore dzieci jako przekleństwo bycia " błaznem Boga". Być może to poprostu efekt mutacji zachodzących w ludzkich organizmach narażonych na silne promieniowanie.
Wiele jest także motywów biblijnych jak korona cierniowa na głowie Pisarza, obrazki, ikony, cytaty.
Nic w tym filmie nie jest pewne, nawet scena w której Maruszka używa telekinezy do przesuwania szklanek siła woli, może być tak naprawdę przejeżdżającym w pobliżu pociągiem .
Reżyser chciał zasiać w głowach widzów niepewność, ciekawość oraz spowodować szukanie odpowiedzi na pytanie: Czym tak naprawdę jest Zona? Czy to miejsce owiane legenda naprawdę jest magiczne ? Czy to tylko wymysł Stalkerów ? Co autor chce nam przekazać ? Na te pytania musimy jednak odpowiedzieć sobie sami, lub szukać odpowiedzi w symbolice.