Urodził się 11 maja w Yamagacie. Od lat dziecięcych wykazywał skłonności artystyczne. W czasie chodzenia do szkoły jego największą pasją było kino. Ukończył Nippon University na wydziale sztuk pięknych, ale wkrótce został powołany w szeregi armii lądowej. 8 następnych lat spędził w mundurze na froncie w Chinach, potem w obozie jenieckim.

W 1937 roku ożenił się późniejszą aktorką występującą w filmach wojennych Kimi Hondą. Po wojnie przybył do zrujnowanego Tokio i wstąpił do studia Toho. Spotkał "czarodzieja efektów specjalnych" Tsuburaya Eiji, co zaowocowało kilkoma wspólnymi projektami. Początkowo Honda kręcił filmy przygodowe i wojenne. Zwrot i wielka sława na całym świecie przyszła w roku 1954, roku Godzilli. Na ekrany kin wchodzi "Gojira", epicki fresk science fiction, absolutnie rewolucyjny w warstwie technicznej obraz, którym Japonia dołączyła do grona państw tworzących filmy fantastyczno naukowe. Powstał gatunek kaiju oraz specyficzna japońska odmiana sci-fi zwana tokusatsu. Wkrótce Honda stał się czołowym na świecie realizatorem kina tego gatunku, tworząc coraz to nowsze potwory oraz futurystyczne wizje techniczne. Był najbliższym przyjacielem Akiry Kurosawy i już od lat 40. współpracował z nim jako asystent reżysera (m.in. "Zbłąkany pies"). Filmowiec wspomagał też "cesarza" w późniejszym etapie kariery, kiedy brakowało środków pieniężnych lub szwankowało zdrowie (asystent przy "Sobowtór", "Ran", "Yume" - reżyser kilku sekwencji, "Madadayo" - drugi reżyser).

Po bogatych latach 50. i 60. przyszła dekada ostatnich dzieł kinowych, idących w kierunku coraz większego infantylizmu. Współtworzył z Tsuburayą telewizyjną serię "Ultraman". W 1975 roku wyreżyserował ostatni film kaijyu - "Mekagojira No Gyakushu", zamykając serię Showa. Zmarł 28 lutego w Tokio na skutek niewydolności oddechowej. Trumnę na jego pogrzebie prowadził mi.n. Kurosawa.